大澤　匡範 （オオサワ　マサノリ）

Osawa, Masanori

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所属（所属キャンパス）

薬学部 薬科学科 生命機能物理学講座 （芝共立）

職名

教授

外部リンク
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研究分野 【 表示 ／ 非表示 】

  • ライフサイエンス / 構造生物化学

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  • ライフサイエンス / 生物物理学

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研究キーワード 【 表示 ／ 非表示 】

  • イオンチャネル

  • イオンチャネル

  • シグナル伝達

  • シグナル伝達

  • 核磁気共鳴

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著書 【 表示 ／ 非表示 】

  • Peptide Toxins Targeting KV Channels

    Matsumura K., Yokogawa M., Osawa M., Handbook of Experimental Pharmacology, 2021年

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    A number of peptide toxins isolated from animals target potassium ion (K+) channels. Many of them are particularly known to inhibit voltage-gated K+ (KV) channels and are mainly classified into pore-blocking toxins or gating-modifier toxins. Pore-blocking toxins directly bind to the ion permeation pores of KV channels, thereby physically occluding them. In contrast, gating-modifier toxins bind to the voltage-sensor domains of KV channels, modulating their voltage-dependent conformational changes. These peptide toxins are useful molecular tools in revealing the structure-function relationship of KV channels and have potential for novel treatments for diseases related to KV channels. This review focuses on the inhibition mechanism of pore-blocking and gating-modifier toxins that target KV channels.

  • Nuclear magnetic resonance approaches for characterizing protein-protein interactions

    Toyama Y., Mase Y., Kano H., Yokogawa M., Osawa M., Shimada I., Methods in Molecular Biology, 2018年

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    The gating of potassium ion (K+) channels is regulated by various kinds of protein-protein interactions (PPIs). Structural investigations of these PPIs provide useful information not only for understanding the gating mechanisms of K+ channels, but also for developing the pharmaceutical compounds targeting K+ channels. Here, we describe a nuclear magnetic resonance spectroscopic method, termed the cross saturation (CS) method, to accurately determine the binding surfaces of protein complexes, and its application to the investigation of the interaction between a G protein-coupled inwardly rectifying K+ channel and a G protein α subunit.

  • 【試料分析講座】「蛋白質の分析」

    大澤 匡範今井駿輔、嶋田一夫, 分析化学会（丸善）, 2012年

    担当範囲: NMR・CDスペクトル

  • 分子細胞生物学辞典 (第２版)

    大澤 匡範嶋田一夫, 東京化学同人, 2008年

    担当範囲: 「等温滴定型カロリメトリー」,「滴定曲線」

  • 実験医学別冊「生命科学のための機器分析実験ハンドブック」

    大澤 匡範嶋田一夫, 羊土社, 2007年

    担当範囲: 「等温滴定型カロリメトリー(ITC)　～熱量測定による相互作用の定量的解析～」

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論文 【 表示 ／ 非表示 】

  • Ribonuclease inhibitor and angiogenin system regulates cell type-specific global translation

    Stillinovic M, Sarangdhar M. A., Andina N, Tardivel A, Greub F, Bombaci G, Ansermet C, Zatti M, Saha D, Xiong J, Sagae T, Yokogawa M, Osawa M, Heller M, Keogh A, Keller I, Angelillo-Scherrer A, and Allam R.

    Science Advances （American Association for the Advancement of Science）  10 （ 22 ）  2024年05月

    研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

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    Translation of mRNAs is a fundamental process that occurs in all cell types of multicellular organisms. Conventionally, it has been considered a default step in gene expression, lacking specific regulation. However, recent studies have documented that certain mRNAs exhibit cell type–specific translation. Despite this, it remains unclear whether global translation is controlled in a cell type–specific manner. By using human cell lines and mouse models, we found that deletion of the ribosome-associated protein ribonuclease inhibitor 1 (RNH1) decreases global translation selectively in hematopoietic-origin cells but not in the non–hematopoietic-origin cells. RNH1-mediated cell type–specific translation is mechanistically linked to angiogenin-induced ribosomal biogenesis. Collectively, this study unravels the existence of cell type–specific global translation regulators and highlights the complex translation regulation in vertebrates.

  • AI-driven molecular generation of not-patented pharmaceutical compounds using world open patent data

    Shimizu Y., Ohta M., Ishida S., Terayama K., Osawa M., Honma T., Ikeda K.

    Journal of Cheminformatics （BioMed Central Ltd）  15 （ 1 ） 120 2023年12月

    研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

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    Developing compounds with novel structures is important for the production of new drugs. From an intellectual perspective, confirming the patent status of newly developed compounds is essential, particularly for pharmaceutical companies. The generation of a large number of compounds has been made possible because of the recent advances in artificial intelligence (AI). However, confirming the patent status of these generated molecules has been a challenge because there are no free and easy-to-use tools that can be used to determine the novelty of the generated compounds in terms of patents in a timely manner; additionally, there are no appropriate reference databases for pharmaceutical patents in the world. In this study, two public databases, SureChEMBL and Google Patents Public Datasets, were used to create a reference database of drug-related patented compounds using international patent classification. An exact structure search system was constructed using InChIKey and a relational database system to rapidly search for compounds in the reference database. Because drug-related patented compounds are a good source for generative AI to learn useful chemical structures, they were used as the training data. Furthermore, molecule generation was successfully directed by increasing and decreasing the number of generated patented compounds through incorporation of patent status (i.e., patented or not) into learning. The use of patent status enabled generation of novel molecules with high drug-likeness. The generation using generative AI with patent information would help efficiently propose novel compounds in terms of pharmaceutical patents. Scientific contribution: In this study, a new molecule-generation method that takes into account the patent status of molecules, which has rarely been considered but is an important feature in drug discovery, was developed. The method enables the generation of novel molecules based on pharmaceutical patents with high drug-likeness and will help in the efficient development of effective drug compounds.

  • PoSSuM v.3: A Major Expansion of the PoSSuM Database for Finding Similar Binding Sites of Proteins

    Tsuchiya Y, Yonezawa T, Yamamori Y, Inoura H, Osawa M, Ikeda K, and Tomii K.

    Journal of Chemical Information and Modeling （ACS Publications）  63 （ 23 ） 7578 - 7587 2023年11月

    研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

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    Information on structures of protein–ligand complexes, including comparisons of known and putative protein–ligand-binding pockets, is valuable for protein annotation and drug discovery and development. To facilitate biomedical and pharmaceutical research, we developed PoSSuM (https://possum.cbrc.pj.aist.go.jp/PoSSuM/), a database for identifying similar binding pockets in proteins. The current PoSSuM database includes 191 million similar pairs among almost 10 million identified pockets. PoSSuM drug search (PoSSuMds) is a resource for investigating ligand and receptor diversity among a set of pockets that can bind to an approved drug compound. The enhanced PoSSuMds covers pockets associated with both approved drugs and drug candidates in clinical trials from the latest release of ChEMBL. Additionally, we developed two new databases: PoSSuMAg for investigating antibody–antigen interactions and PoSSuMAF to simplify exploring putative pockets in AlphaFold human protein models.

  • TDP-43 N-terminal domain dimerisation or spatial separation by RNA binding decreases its propensity to aggregate

    Miura M, Sakaue F, Matsuno H, Morita K, Yoshida A, Hara RI, Nishimura R, Nishida Y, Yokogawa M, Osawa M, and Yokota T.

    FEBS Letters （FEBS PRESS）  597 （ 12 ） 1667 - 1676 2023年05月

    研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  00145793

    　概要を見る

    Aggregation of the 43 kDa TAR DNA-binding protein (TDP-43) is a pathological hallmark of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal lobar degeneration (FTLD). RNA binding and TDP-43 N-terminal domain dimerisation has been suggested to ameliorate TDP-43 aggregation. However, the relationship between these factors and the solubility of TDP-43 is largely unknown. Therefore, we developed new oligonucleotides that can recruit two TDP-43 molecules and interfere with their intermolecular interactions via spatial separation. Using these oligonucleotides and TDP-43-preferable UG-repeats, we uncovered two distinct mechanisms for modulating TDP-43 solubility by RNA binding: One is N-terminal domain dimerisation, and the other is the spatial separation of two TDP-43 molecules. This study provides new molecular insights into the regulation of TDP-43 solubility.

  • Applying deep learning to iterative screening of medium-sized molecules for protein–protein interaction-targeted drug discovery

    Shimizu Y, Yonezawa T, Bao Y, Sakamoto J, Yokogawa M, Furuya T, Osawa M, and Ikeda K.

    Chemical Communications （The Royal Society of Chemistry）  Issue 44 （ 59 ） 6722 - 6725 2023年05月

    研究論文（学術雑誌）, 査読有り,  ISSN  13597345

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    We combined a library of medium-sized molecules with iterative screening using multiple machine learning algorithms that were ligand-based, which resulted in a large increase of the hit rate against a protein-protein interaction target. This was demonstrated by inhibition assays using a PPI target, Kelch-like ECH-associated protein 1/nuclear factor erythroid 2-related factor 2 (Keap1/Nrf2), and a deep neural network model based on the first-round assay data showed a highest hit rate of 27.3%. Using the models, we identified novel active and non-flat compounds far from public datasets, expanding the chemical space.

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KOARA（リポジトリ）収録論文等 【 表示 ／ 非表示 】

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研究発表 【 表示 ／ 非表示 】

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競争的研究費の研究課題 【 表示 ／ 非表示 】

  • 疾病の原因となる生体高分子間相互作用の新たな拮抗メカニズムの解明と創薬戦略

    2024年04月
    -
    2027年03月

    大澤 匡範, 基盤研究(B), 補助金,  研究代表者

  • B型肝炎ウイルス侵入機構の解明と侵入阻害剤による感染制御

    2022年04月
    -
    2025年03月

    科学研究費助成事業, 伊藤 清顕, 宇根 瑞穂, 大澤 匡範, 梅澤 一夫, 基盤研究(B), 未設定

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    我々は、胆汁酸誘導体の一つであるINT-767がHBVのエンベロープ蛋白質の疎水性領域に結合してHBVの感染を強力に阻害することを発見した（Ito K et al. Hepatology. 2021）。本研究によりHBVの肝細胞内への侵入機構を分子レベルで解明し、胆汁酸誘導体や低分子化合物を利用して、より有効性および安全性が高い新たな感染阻害剤を開発する。HBVと同様に新型コロナウイルスやヒト免疫不全ウイルスなどのエンベロープウイルスもエンベロープ蛋白質の疎水性領域を利用して細胞膜やエンドソーム膜と融合して感染が成立するため、本研究成果は他のエンベロープウイルスに対する治療薬開発にも繋がる。

  • B型肝炎ウイルスの肝細胞侵入・増殖機構の構造基盤と立体構造に基づく創薬

    2021年04月
    -
    2024年03月

    慶應義塾大学, 科学研究費助成事業, 横川 真梨子、大澤 匡範, 基盤研究(C), 未設定

    　研究概要を見る

    B型肝炎ウイルス(HBV) 外殻膜の表面抗原タンパク質（LHBs）は、肝細胞への感染時には肝細胞膜上のタンパク質であるNTCPと結合し、宿主内での増殖時にはHBVのキャプシドを形成するタンパク質であるCpと結合する。そこで本研究は、LHBs―NTCPおよびLHBs―Cpの相互作用様式を原子分解能で明らかにすることで、HBVの肝細胞侵入・増殖メカニズムを解明する。明らかにした立体構造に基づくin silicoスクリーニング、および得られた候補化合物のin vitroアッセイを行うことで、これらのタンパク質－タンパク質相互作用を阻害する中分子合成化合物を探索し、新規作用機序の抗HBV薬を創製する。

  • 電位依存性イオンチャネルの機能構造と構造間遷移機構の解析による動作機構解明

    2021年04月
    -
    2024年03月

    文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 大澤 匡範、横川 真梨子, 基盤研究(B), 補助金,  研究代表者

    　研究概要を見る

    電位依存性イオンチャネル(VGIC)は、神経伝達や心臓の拍動を担う膜タンパク質であり、創薬の標的としても重要である。VGICは一般に、膜電位に応じた構造変化によりイオン透過ゲートを開閉し、特定のイオンを膜透過させることで膜電位を制御する。しかしながら、これまではその構造遷移メカニズムは不明であった。
    そこで本研究では、リガンドの結合や化学修飾により未解明である機能構造を安定化して構造解析を実現可能とする手法を確立し、その立体構造をX線結晶構造解析あるいは電子顕微鏡により原子レベルで明らかにするとともに、NMRによりそれらの間の構造遷移を解析することにより、VGICの動作メカニズムを解明する。

  • 14-3-3タンパク質によるリン酸化シグナル経路の熱力学的・構造生物学的基盤

    2019年04月
    -
    2021年03月

    文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 大澤　匡範, 新学術領域研究（研究課題提案型）, 補助金,  研究代表者

    　研究概要を見る

    多くのがん細胞においては、Ras タンパク質の活性化を起源として、その下流にあるキナーゼを活性化し、そのキナーゼは連鎖的に別のキナーゼをリン酸化・活性化する、というリン酸化シグナルが亢進している。そのシグナルを持続させる機能をもつタンパク質が14-3-3タンパク質である。本研究では、この14-3-3タンパク質がいかにしてリン酸化シグナルを持続させるのかを定量的に、かつ、タンパク質の立体構造の観点より解明することにより、この過程を数理モデル化して理解することを目的としている。このメカニズムが解明できれば、リン酸化シグナルを抑制する革新的な制がん剤の創製につながると考えている。
    多くのがん細胞においては、遺伝子変異によるRas タンパク質の活性化を起源として、その下流にあるキナーゼを活性化し、そのキナーゼは連鎖的に別のキナーゼをリン酸化・活性化する。このようなリン酸化シグナルの連鎖と増幅が、がん細胞の増殖能や浸潤能を高める。　Ser/Thr のリン酸化によるキナーゼの活性化は、14-3-3ζ の結合により持続・亢進し、14-3-3ζ の結合阻害により抑制されることが分かってきた。したがって、がんにおけるリン酸化シグナルの数理モデルを確立するためには、14-3-3ζ と各キナーゼの結合親和性や、その基盤となる複合体の立体構造を明らかにする必要がある。そこで本研究は、14-3-3ζの結合により活性化されるキナーゼや転写因子など（14-3-3ζのclientタンパク質）の全長、あるいは、14-3-3ζとの相互作用部位全体を用いた結合親和性の定量的解析、両者の複合体のX線結晶構造解析を行うことにより、リン酸化シグナルの数理モデルを構築する上での熱力学的・構造生物学的基盤を確立することを目的とする。
    本年度は、14-3-3ζのclientタンパク質のうち、キナーゼ3種類、転写因子2種類の大量発現系を構築し、大腸菌をホストとした大量発現・精製を試みた。これまでに、キナーゼおよび転写因子の各1種類について、大量発現・精製法確立に成功した。キナーゼについてはサイズ排除クロマトグラフィーにより多量体状態の解析を行い、単量体～2量体で存在することが分かった。現在、酵素処理によるリン酸化条件を検討している。転写因子については、これを基質とする別のリン酸化酵素によるリン酸化に成功した。GST融合14-3-3ζを用いたグルタチオンセファロースによるプルダウンアッセイにより、14-3-3ζとリン酸化した転写因子の高親和性結合を確認した。
    当初の計画は、以下の通りであった。
    (1) 14-3-3ζのclient タンパク質の大量調製法の確立、性状解析・活性確認　(2) 14-3-3ζとclient タンパク質全長（相互作用部位全体）の結合親和性の定量解析　(3) 14-3-3ζとclient タンパク質全長（相互作用部位全体）の複合体の結晶化　(4) 14-3-3ζと阻害剤BA およびUTKO1 との相互作用解析、複合体の立体構造解析
    <BR>
    これまでに、(1)については、転写因子およびタンパク質キナーゼの大量調製に成功し、特に転写因子についてはリン酸化方法を確立し、プルダウンアッセイによりリン酸化の有無による14-3-3ζとの結合親和性の変化の検出に成功した。(2)、(3)への取り組みを開始したところである。(4)については、未着手である。
    当初の計画の(2)、(3)については、結晶化に成功し次第、X線結晶構造解析を行う。
    また、大量調製法が確立できていない転写因子とタンパク質リン酸化酵素については、発現条件の検討を行う。

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受賞 【 表示 ／ 非表示 】

  • Best Poster Award

    Masanori Osawa, 2016年07月, The organizing committee of International and Interdisciplinary Symposium 2016, Structural Basis for the Inhibition of Voltage-dependent K+ Channel by Gating Modifier Toxin

    受賞区分： その他

  • 長瀬研究振興賞

    2016年04月, 公益財団法人 長瀬科学技術振興財団, 溶液NMRによる、脂質二重膜中での膜蛋白質相互作用の構造生物学的解析を可能とする新規汎用性ナノディスクの開発

    受賞区分： その他

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担当授業科目 【 表示 ／ 非表示 】

  • 課題研究（生命機能物理学）

    2024年度

  • 演習（生命機能物理学）

    2024年度

  • 卒業研究１（薬学科）

    2024年度

  • 物理分析学

    2024年度

  • 英語演習（薬学科）

    2024年度

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担当経験のある授業科目 【 表示 ／ 非表示 】

  • 卒業研究Ａ

    慶應義塾

    2019年04月
    -
    2020年03月

  • 物理分析学

    慶應義塾

    2018年04月
    -
    2019年03月
    , 

    秋学期, 講義, 220人

  • 薬学基礎実習

    慶應義塾

    2018年04月
    -
    2019年03月
    , 

    秋学期, 実習・実験, 240人

  • 分析化学

    慶應義塾

    2018年04月
    -
    2019年03月
    , 

    春学期, 講義, 専任, 1時間, 240人

  • C1(3)物質の状態IIB

    慶應義塾

    2015年04月
    -
    2016年03月
    , 

    秋学期, 講義, 240人

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