曽我　朋義 （ソガ　トモヨシ）

Soga, Tomoyoshi

写真a

所属（所属キャンパス）

研究所・センター等 ヒト生物学-微生物叢-量子計算研究センター （三田）

職名

特任教授（有期）

HP

外部リンク
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教員からのメッセージ 【 表示 ／ 非表示 】

  • 自分のこれまでの経験では、実験がうまくいってもそこから得られるものは何もありません。失敗して、原因をあれこれ考えることで自分が知らなかった知見を得たり、新しい発見をしたりします。したがって、多くのことに果敢にチェレンジしてたくさんの失敗を重ねて欲しいと思います。失敗が必ず皆さんの糧になります。

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その他公開情報 【 表示 ／ 非表示 】

  • メタボロミクス、分析化学

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経歴 【 表示 ／ 非表示 】

  • 1984年04月
    -
    1992年03月

    横河電機株式会社

  • 1992年04月
    -
    2001年03月

    横河アナリティカルシステムズ株式会社

  • 2001年04月
    -
    2002年03月

    琉球大学 , 客員教授

  • 2001年04月
    -
    2005年03月

    慶應義塾大学環境情報学部/先端生命科学研究所, 助教授（有期）

  • 2003年07月
    -
    2010年03月

    ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ株式会社, 取締役

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学歴 【 表示 ／ 非表示 】

  • 1980年04月
    -
    1984年03月

    慶應義塾大学, 工学部, 応用化学科

    大学, 卒業

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学位 【 表示 ／ 非表示 】

  • 工学博士, 豊橋技術科学大学, 論文, 2000年03月

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研究テーマ 【 表示 ／ 非表示 】

  • 枯草菌、大腸菌、酵母等のバクテリアからイネやマウスの組織、ヒトの血液、尿、赤血球、ガン細胞等のあらゆる生物種の細胞内全代謝物質（メタボローム）の測定法, 

    　

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著書 【 表示 ／ 非表示 】

  • Amino Acid Analysis : Methods and Protocols

    Alterman M.Ed., (Hirayama, A., Ikeda, S., Sato, A., Soga, T., contribution for Chapter 23）, Humana Press, 2019年07月

    担当範囲: Chapter 23: Amino Acid Analysis by Capillary Electrophoresis-Mass Spectrometry,  担当ページ： 307-313

    　概要を見る

    Capillary electrophoresis-mass spectrometry (CE-MS) has been developed as a powerful tool in the analysis of charged compounds. To simultaneously analyze free amino acids, an electrolyte with low pH was used to positively charge all of the amino acids. In this condition, all protonated amino acids migrated toward the cathode in CE and then were sensitively and selectively detected by MS. This method is simple, rapid, and selective and could readily be applied to the analysis of free amino acids in various samples. In this chapter, the detailed procedure to analyze amino acids using CE-tandem mass spectrometry (MS/MS) is described.

  • Oceanography Challenges to Future Earth : Human and Natural Impacts on our Seas

    Komatsu, T., Ceccaldi, H-J., Yoshida, J., Prouzet, P., Henocque, Y. Ed., (Nakano, T., Shirakawa, H., Yeo, G., Devlin, R.H., Soga, T., contribution for Part IV ), Springer, 2019年02月,  ページ数： 430

    担当範囲: Part IV Innovative Research: Metabolome profiling of growth hormone transgenic coho salmon by capillary electrophoresis time-of-flight mass spectrometry,  担当ページ： 223-234

  • Capillary Electrophoresis-Mass Spectrometry for Metabolomics

    Ramautar R. Ed., (Hirayama A, Soga T. contribution for CHAPTER 7), The Royal Society of Chemistry, 2018年07月,  ページ数： 300

    担当範囲: CHAPTER 7: CE-MS for anionic and cationic metabolic profiling: system optimization and applications,  担当ページ： 134-160

  • ONCO-METABOLOMICS; A NEW CLUE TO UNDERSTAND CARCINOGENESIS, CANCER BIOLOGY AND TO DEVELOP NOVEL DIAGNOSTICS AND THERAPEUTICS

    Esmi, H., Mak, T.W., Soga, T., Suematsu, M.,Mori, M. Ed, Princess Takamatsu Cancer Research Fund, 2016年04月

  • Metabolomics: Methods and Protocols

    Bjerrum, J. T. Ed. (Wakayama, M., Hirayama, A., Soga, T., contribution for Chapter 13), Humana Press, 2015年04月,  ページ数： 269

    担当範囲: Chapter 13: Capillary Electrophoresis-Mass Spectrometry,  担当ページ： 113-122

    　概要を見る

    Capillary electrophoresis-mass spectrometry (CE-MS) has proven to be useful for metabolomics studies. Charged metabolites are first separated by CE based on charge and size and are subsequently selectively detected using MS. The major advantages of CE-MS are its high resolution and the fact that almost any charged species can be analyzed by two methods, both cationic and anionic. This technique can readily be applied to various types of biological samples originating from bacteria, plants, mammals, and body fluids. This chapter highlights detailed practical procedures for using this technology.

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論文 【 表示 ／ 非表示 】

  • Lysine-arginine imbalance overcomes therapeutic tolerance governed by the transcription factor E3-lysosome axis in glioblastoma

    Jing Y., Kobayashi M., Shoulkamy M.I., Zhou M., Thi Vu H., Arakawa H., Sabit H., Iwabuchi S., Quang Vu C., Kasahara A., Ueno M., Tadokoro Y., Kurayoshi K., Chen X., Yan Y., Arai S., Hashimoto S., Soga T., Todo T., Nakada M., Hirao A.

    Nat. Commun. 16 （ 1 ） 2876 - 2876 2025年04月

    研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

    　概要を見る

    Recent advances in cancer therapy have underscored the importance of targeting specific metabolic pathways. In this study, we propose a precision nutrition approach aimed at lysosomal function in glioblastoma multiforme (GBM). Using patient-derived GBM cells, we identify lysosomal activity as a unique metabolic biomarker of tumorigenesis, controlling the efficacy of temozolomide (TMZ), a standard GBM therapy. Employing combined analyses of clinical patient samples and xenograft models, we further elucidate the pivotal role of Transcription Factor Binding To IGHM Enhancer 3 (TFE3), a master regulator of lysosomal biogenesis, in modulating malignant properties, particularly TMZ tolerance, by regulating peroxisome proliferator-activated receptor-gamma coactivator 1−alpha (PGC1α)-mediated mitochondrial activity. Notably, we find that lysine protects GBM cells from lysosomal stress by counteracting arginine’s effects on nitric oxide production. The lysine restriction mimetic, homoarginine administration, significantly enhances the efficacy of anticancer therapies through lysosomal dysfunction. This study underscores the critical role of lysosomal function modulated by amino acid metabolism in GBM pathogenesis and treatment.

  • PNPLA6 regulates retinal homeostasis by choline through phospholipid turnover

    Ono T., Taketomi Y., Higashi T., Sato H., Mochizuki-Ono C., Nagasaki Y., Ueta T., Miyai T., Tokuoka S.M., Oda Y., Nishito Y., Ono T., Taya C., Arata S., Watanabe S., Soga T., Hirabayashi T., Aihara M., Murakami M.

    Nat. Commun. 16 （ 1 ） 2221 - 2221 2025年03月

    研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

    　概要を見る

    Although mutations in human patatin-like phospholipase PNPLA6 are associated with hereditary retinal degenerative diseases, its mechanistic action in the retina is poorly understood. Here, we uncover the molecular mechanism by which PNPLA6 dysfunction disturbs retinal homeostasis and visual function. PNPLA6, by acting as a phospholipase B, regulates choline mobilization from phosphatidylcholine and subsequent choline turnover for phosphatidylcholine regeneration in retinal pigment epithelial cells. PNPLA6-driven choline is supplied from retinal pigment epithelial cells to adjacent photoreceptor cells to support their survival. Inhibition of this pathway results in abnormal morphology, proliferation, metabolism, and functions of retinal pigment epithelial and photoreceptor cells, and mice with retina-specific PNPLA6 deletion exhibit retinitis pigmentosa-like retinal degeneration. Notably, these abnormalities are entirely rescued by choline supplementation. Thus, PNPLA6 plays an essential role in retinal homeostasis by controlling choline availability for phospholipid recycling and provide a framework for the development of an ophthalmic drug target for retinal degeneration.

  • Time and dose selective glucose metabolism for glucose homeostasis and energy conversion in the liver

    Pan, Y., Hatano, A., Ohno, S., Morita, K., Kokaji, T., Bai, Y., Sugimoto, H., Egami, R., Terakawa, A., Li, D., Uematsu, S., Maehara, H., Fujita, S., Inoue, H., Inaba, Y., Nagano, A., Hirayama, A., Soga, T., Kuroda, S.

    npj Syst. Biol. Appl. 10 （ 1 ） 107 - 107 2024年09月

    研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

    　概要を見る

    Hepatic glucose metabolism serves dual purposes: maintaining glucose homeostasis and converting glucose into energy sources; however, the underlying mechanisms are unclear. We quantitatively measured liver metabolites, gene expression, and phosphorylated insulin signaling molecules in mice orally administered varying doses of glucose, and constructed a transomic network. Rapid phosphorylation of insulin signaling molecules in response to glucose intake was observed, in contrast to the more gradual changes in gene expression. Glycolytic and gluconeogenic metabolites and expression of genes involved in glucose metabolism including glucose-6-phosphate, G6pc, and Pck1, demonstrated high glucose dose sensitivity. Whereas, glucokinase expression and glycogen accumulation showed low glucose dose sensitivity. During the early phase after glucose intake, metabolic flux was geared towards glucose homeostasis regardless of the glucose dose but shifted towards energy conversion during the late phase at higher glucose doses. Our research provides a comprehensive view of time- and dose-dependent selective glucose metabolism.

  • A Supramolecular Biosensor for Rapid and High-ThroughputQuantification of a Disease-Associated Niacin Metabolite

    Ueno, M., Sugiyama, H., Li, F., Nishimura, T., Arakawa, H., Chen, X., Cheng, X., Takeuchi,, S., Takeshita, Y., Takamura, T., Miyagi, S., Toyama, T., Soga, T., Masuo, Y., Kato, Y., Nakamura, H., Tsujiguchi, H., Hara, A., Tajima, A., Noguchi-Shinohara, M., Ono, K., Kurayoshi, K., Kobayashi, M., Tadokoro, Y., Kasahara, A., Shoulkamy, M.I., Maeda, K., Ogoshi, T., Hirao, A.

    Anal. Chem. 96 （ 36 ） 14499 - 14507 2024年09月

    研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

    　概要を見る

    Metabolic abnormalities play a pivotal role in various pathological conditions, necessitating the quantification of specific metabolites for diagnosis. While mass spectrometry remains the primary method for metabolite measurement, its limited throughput underscores the need for biosensors capable of rapid detection. Previously, we reported that pillar[6]arene with 12 carboxylate groups (P6AC) forms host-guest complexes with 1-methylnicotinamide (1-MNA), which is produced in vivo by nicotinamide N-methyltransferase (NNMT). P6AC acts as a biosensor by measuring the fluorescence quenching caused by photoinduced electron transfer upon 1-MNA binding. However, the low sensitivity of P6AC makes it impractical for detecting 1-MNA in unpurified biological samples. In this study, we found that P6A with 12 sulfonate groups (P6AS) is a specific and potent supramolecular host for 1-MNA interactions even in biological samples. The 1-MNA binding affinity of P6AS in water was found to be (5.68 ± 1.02) × 106 M-1, which is approximately 700-fold higher than that of P6AC. Moreover, the 1-MNA detection limit of P6AS was determined to be 2.84 × 10-7 M, which is substantially lower than that of P6AC. Direct addition of P6AS to culture medium was sufficient to quantify 1-MNA produced by cancer cells. Furthermore, this sensor was able to specifically detect 1-MNA even in unpurified human urine. P6AS therefore enables rapid and high-throughput quantification of 1-MNA, and further improvement of our strategy will contribute to the establishment of high-throughput screening of NNMT inhibitors, diagnosis of liver diseases, and imaging of human cancer cells in vivo.

  • Metabolomics Profiles Alterations in Cigarette Smokers and Heated Tobacco Product Users

    Harada, S., Ohmomo, H., Matsumoto, M., Sata, M., Iida, M., Hirata, A., Miyagawa, N., Kuwabara, K., Kato, S., Toki, R., Edagawa, S., Sugiyama, D., Sato, A., Hirayama, A., Sugimoto, M., Soga, T., Tomita, M., Shimizu, A., Okamura, T., Takebayashi, T.

    J. Epidemiol. 34 （ 9 ） 403 - 410 2024年09月

    研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

    　概要を見る

    Background: Heated tobacco products (HTPs) have gained global popularity, but their health risks remain unclear. Therefore, the current study aimed to identify plasma metabolites associated with smoking and HTP use in a large Japanese population to improve health risk assessment.

    Methods: Metabolomics data from 9,922 baseline participants of the Tsuruoka Metabolomics Cohort Study (TMCS) were analyzed to determine the association between smoking habits and plasma metabolites. Moreover, alterations in smoking-related metabolites among HTP users were examined based on data obtained from 3,334 participants involved from April 2018 to June 2019 in a follow-up survey.

    Results: Our study revealed that cigarette smokers had metabolomics profiles distinct from never smokers, with 22 polar metabolites identified as candidate biomarkers for smoking. These biomarker profiles of HTP users were closer to those of cigarette smokers than those of never smokers. The concentration of glutamate was higher in cigarette smokers, and biomarkers involved in glutamate metabolism were also associated with cigarette smoking and HTP use. Network pathway analysis showed that smoking was associated with the glutamate pathway, which could lead to endothelial dysfunction and atherosclerosis of the vessels.

    Conclusions: Our study showed that the glutamate pathway is affected by habitual smoking. These changes in the glutamate pathway may partly explain the mechanism by which cigarette smoking causes cardiovascular disease. HTP use was also associated with glutamate metabolism, indicating that HTP use may contribute to the development of cardiovascular disease through mechanisms similar to those in cigarette use.

    Keywords: electronic nicotine delivery devices; heated tobacco products; metabolomics; prevention; smoking-induced disease.

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KOARA（リポジトリ）収録論文等 【 表示 ／ 非表示 】

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総説・解説等 【 表示 ／ 非表示 】

  • 腫瘍における分岐鎖アミノ酸トランスポーターの役割

    齊藤康弘、曽我朋義

    実験医学 （羊土社）  40 （ 14 ） 2239 - 2244 2022年08月

    記事・総説・解説・論説等（その他）, 共著

  • アミノ酸トランスポーターを標的とした個別化医療

    Precision Medicine 4 （ 13 ） 18 - 22 2021年11月

    記事・総説・解説・論説等（その他）, 共著

  • メタボロミクスによるがん幹細胞の代謝研究

    北島正二朗、曽我朋義

    （別冊 医学のあゆみ）　治療標的としてのがん幹細胞 （医歯薬出版株式会社）     117 - 121 2021年03月

    記事・総説・解説・論説等（その他）, 共著

  • メタボローム解析に基づく癌診断法の開発

    曽我朋義、杉本昌弘

    消化器・肝臓内科 （科学評論社）  8 （ 2 ） 137 - 143 2020年08月

    共著

  • はじめに-メタボローム解析UPDATE

    曽我朋義

    （別冊・医学のあゆみ） メタボローム解析UPDATE （医歯薬出版株式会社）   2020年06月

    単著

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研究発表 【 表示 ／ 非表示 】

  • Development of CE-MS Metabolomics and its Application in Cancer

    Tomoyoshi Soga

    Metabolomics2024, 20th Annual Confereence of the Metabolomics Society （Osaka） , 

    2024年06月

  • Multi Omics analysis of colorectal cancer metabolism

    2018 International Meeting on 22nd MDO and 33rd JSSX （Ishikawa Ongakudo, Kanazawa, Ishikawa） , 

    2018年10月
    , 

    口頭発表（招待・特別）, JSSX (The Japanese Society for the Study of Xenobiotics)、MDO(Microsomes and Drug Oxidations)

  • Malti-omics reveals MYC as a master regulator of colorectal cancer metabolism

    曽我 朋義

    The 1st International Symposium for Trans-Omics （Koshiba Hall, The University of Tokyo, Hongo Campus） , 

    2017年11月
    , 

    口頭発表（招待・特別）

  • Onco-metabolites and cancer specific metabolic pathways

    SOGA TOMOYOSHI

    American Association for Cancer Research Annual Meeting 2017, AACR2017, 

    2017年04月
    , 

    口頭発表（招待・特別）

  • What Causes Altered Metabolism in Colon Cancer Cells

    SOGA TOMOYOSHI

    46th International Symposium of The Princess Takamatsu Cancer Research Found （Palece Hotel Tokyo, Japan） , 

    2015年11月
    , 

    口頭発表（招待・特別）

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競争的研究費の研究課題 【 表示 ／ 非表示 】

  • SUCLA2欠失疾患の治療薬開発と応用

    2024年05月
    -
    2025年03月

    日本医療研究開発機構(AMED), 次世代がん医療加速化研究事業（P-PROMOTE）, 髙橋　智聡, 受託研究,  研究分担者

  • 冬眠・休眠のトランスオミクス解析

    2023年06月
    -
    2025年03月

    文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業 学術変革領域研究（A）, 黒田　真也, 補助金,  研究分担者

  • 大腸がんにおけるオンコメタボライト・L-2HGの分子基盤の解明

    2022年06月
    -
    2025年03月

    文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業　基盤研究(C), 田畑　祥, その他,  研究分担者

  • 時空間トランスオミクスを用いた多細胞・臓器連関代謝制御の解明

    2021年10月
    -
    2025年03月

    国立研究開発法人科学技術振興機構 (JST),  戦略的創造研究推進事業 CREST, 黒田 真也, 受託研究,  研究分担者

  • SUCLA2遺伝子欠失を標的とする進行前立腺がんの新規治療法開発

    2021年05月
    -
    2023年03月

    日本医療研究開発機構(AMED), 次世代がん医療創生研究事業 , 髙橋 智聡, 受託研究,  研究分担者

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Works 【 表示 ／ 非表示 】

  • 経済産業省主催「バイオ人材育成事業」メタボローム実習講師

    曽我 朋義

    2004年12月
    , 

    その他, 共同

  • 日経BP社主催バイオファイナンスギルド　メタボローム講座

    曽我 朋義

    2004年08月
    , 

    その他, 共同

  • キャピラリー電気泳動による無機陰イオン、有機酸、アミノ酸の分析

    曽我朋義

    2001年10月
    -
    継続中
    , 

    その他

    　発表内容を見る

    キャピラリー電気泳動法の装置、測定法の原理および様々な測定例を解説した

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知的財産権等 【 表示 ／ 非表示 】

  • カテコールアミン類の分析方法

    出願日： 特願平01-272206  1989年10月 

    公開日： 特開平03-134561  1991年06月 

    発行日： 特許第2833058号  1998年10月

    特許権, 単独

  • 陰イオン性化合物の分析方法

    出願日： 特願平08-143048  1996年06月 

    公開日： 特開平09-325130  1997年12月 

    発行日： 特許第2912232号  1999年04月

    特許権, 単独

  • キャピラリー電気泳動による陰イオン、アミノ酸、糖類の分析方法及び装置

    出願日： 特願平10-145244  1998年05月 

    公開日： 特開平11-337524  1999年12月 

    発行日： 特許第3038184号  2000年02月

    特許権, 単独

  • 陰イオン性化合物の分離分析方法及び装置

    出願日： 特願2001-224341  2001年07月 

    公開日： 特開2003-035698  2003年02月 

    発行日： 特許第3341765号  2002年08月

    特許権, 単独

  • 電気泳動測定によるイオン性化合物の移動時間予想方法

    出願日： 特願2004-245728  2004年08月 

    公開日： 特開2006-064472  2006年03月 

    発行日： 特許第3871689号  2006年10月

    特許権, 共同

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受賞 【 表示 ／ 非表示 】

  • 福澤賞

    曽我 朋義, 2022年11月, 慶應義塾, メタボローム（細胞内全代謝物質）解析技術の開発と実用化

    受賞区分： 塾内表彰等

  • 第2回寺部茂賞

    2015年11月, 日本分析化学会 電気泳動分析研究懇談会, CE-MSメタボローム測定技術の開発と実用化

    受賞区分： 国内学会・会議・シンポジウム等の賞

  • 義塾賞

    曽我 朋義, 2011年11月, 慶應義塾大学, CE-MSメタボローム測定技術の開発と実用化

    受賞区分： 塾内表彰等

  • 第7回酸化ストレスと肝研究会　奨励賞

    曽我 朋義, 2010年11月, 酸化ストレスと肝研究会, メタボロミクスによる新規酸化ストレスマーカーの同定と肝臓疾患スクリーニング

    受賞区分： 国内学会・会議・シンポジウム等の賞

    　説明を見る

    第7回酸化ストレスと肝研究会における研究発表による

  • 平成21年度全国発明表彰　発明協会会長賞

    曽我 朋義, 2009年07月, 社団法人　発明協会, メタボローム測定装置の発明

    受賞区分： その他

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担当授業科目 【 表示 ／ 非表示 】

  • 研究会Ｂ

    2024年度

  • メタボロミクス

    2024年度

  • メタボローム解析実習

    2024年度

  • 修士研究会

    2024年度

  • 特別研究

    2024年度

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