荒川 和晴 (アラカワ カズハル)

Arakawa, Kazuharu

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所属(所属キャンパス)

環境情報学部 (湘南藤沢)

職名

准教授

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外部リンク

経歴 【 表示 / 非表示

  • 2007年04月
    -
    2009年03月

    慶應義塾大学 大学院 政策・メディア研究科 , 特別研究助教

  • 2009年04月
    -
    2014年03月

    慶應義塾大学 大学院 政策・メディア研究科 , 特任講師

  • 2014年04月
    -
    2017年03月

    慶應義塾大学 大学院 政策・メディア研究科, 特任准教授

  • 2017年04月
    -
    継続中

    慶應義塾大学環境情報学部, 准教授

学位 【 表示 / 非表示

  • 政策・メディア, 慶應義塾, 課程, 2006年03月

 

研究分野 【 表示 / 非表示

  • ゲノム医科学 (応用ゲノム科学)

  • システムゲノム科学

  • 分子生物学

研究キーワード 【 表示 / 非表示

  • システム生物学

  • バイオインフォマティクス

  • 分子生物学

  • 細胞生物学

 

著書 【 表示 / 非表示

  • オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス

    荒川 和晴, 東京電機大学出版, 2008年03月

    担当範囲: 250

  • RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス

    R.ジェントルマン, V.J.カリー, W.フーバー, R.A.イリザリー, S.ドュドイト著 ; 荒川和晴, 粕川雄也, 川路英哉, 河野信, 神田将和ほか訳, シュプリンガー・ジャパン, 2007年07月

  • ゲノム配列に基づいた全代謝パスウェイモデルの自動生成

    荒川 和晴, 慶應義塾大学湘南藤沢学会, 2006年04月

論文 【 表示 / 非表示

  • Complete Genome Sequence of Bifidobacterium longum Strain Jih1, Isolated from Human Feces

    Inoue H., Shibata S., Ii K., Inoue J., Fukuda S., Arakawa K.

    Microbiology Resource Announcements (Microbiology Resource Announcements)  9 ( 22 )  2020年05月

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    Copyright © 2020 Inoue et al. We report the complete genome sequence of Bifidobacterium longum strain Jih1, isolated from human feces. The assembled genome comprised one circular chromosome of 2.37 Mb. The chromosome harbors 1,941 protein-coding genes.

  • Complete genome sequence of halomonas meridiana strain eplume2, isolated from a hydrothermal plume in the northeast pacific ocean

    Kurihara Y., Kawai S., Sakai A., Galipon J., Arakawa K.

    Microbiology Resource Announcements (Microbiology Resource Announcements)  9 ( 20 )  2020年05月

     概要を見る

    © 2020 Kurihara et al. Halomonas meridiana strain Eplume2 (ATCC BAA-804) is a Gram-negative bacterium isolated from hydrothermal plume seawater in the Northeast Pacific Ocean at a depth of 2,000 m. Here, we report the complete genome sequence of this strain, which has a total size of 4.12 Mbp and a 56.6% G+C content.

  • Complete Genome Sequences of Two Cutibacterium acnes Strains Isolated from an Orthopedic Surgical Site

    Seo K., Tanaka K., Fukuda S., Arakawa K.

    Microbiology Resource Announcements (Microbiology Resource Announcements)  9 ( 17 )  2020年04月

     概要を見る

    Copyright © 2020 Seo et al Cutibacterium acnes was reported as one of the most frequently isolated opportunistic pathogens among the skin microbiota. Here, we report two complete genome sequences of Cutibacterium acnes strains that were isolated from surgical (strain SZ1) and nonsurgical (strain SZ2) sites on the back of an orthopedic surgery patient.

  • Distribution of Macrobiotus shonaicus Stec, Arakawa & Michalczyk, 2018 (Tardigrada: Eutardigrada: Macrobiotidae) in Japan

    Sugiura K., Arakawa K., Matsumoto M.

    Zootaxa (Zootaxa)  4767 ( 1 ) 56 - 70 2020年04月

    ISSN  11755326

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    Copyright © 2020 Magnolia Press. To date, only seven species of Macrobiotidae (Parachela; Eutardigrada; Tardigrada) have been reported from Japan, including the recently described Macrobiotus shonaicus Stec et al., 2018 from the Shonai region of Japan. This species has flexible filaments on the egg processes and is known to proliferate only through sexual reproduction. Here, we report a multifaceted analysis of nine populations of M. shonaicus found on four Japanese islands. DNA sequencing of the cytochrome oxidase subunit I (COI) and internal transcribed spacer 2 (ITS-2) of the nine populations revealed 8 and 11 haplotypes, respectively. The extensive morphometric analysis showed considerably greater variability in the morphology of eggs than of animals. In addition to the morphological and molecular data, we confirmed the karyotype and found that all populations had a chromosome number of n = 6. Moreover, we observed and filmed mating behaviour between all studied populations of M. shonaicus. Our results clearly indicated that M. shonaicus is widely distributed throughout Japan.

  • Complete genome sequence of Bacillus sp. Strain KH172Yl63, isolated from deep-sea sediment

    Murai Y., Masuda T., Onuma Y., Evans-Yamamoto D., Takeuchi N., Mori H., Masuyama N., Ishiguro S., Yachie N., Arakawa K.

    Microbiology Resource Announcements (Microbiology Resource Announcements)  9 ( 16 )  2020年04月

     概要を見る

    Copyright © 2020 Murai et al. Bacillus sp. strain KH172YL63 is a Gram-positive bacterium isolated from the deep-sea floor surface sediment at 3,308 m below sea level in the Nankai Trough in Japan. Here, we report the complete genome sequence of Bacillus sp. strain KH172YL63, which has a genome size of 4,251,700 bp and a G+C content of 44.8%.

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KOARA(リポジトリ)収録論文等 【 表示 / 非表示

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総説・解説等 【 表示 / 非表示

研究発表 【 表示 / 非表示

  • 複製によって形成されたバクテリアゲノム構造の解析

    荒川 和晴

    日本進化学会 (東京) , 2010年08月, 口頭(一般)

  • G-language Bookmarklet: a gateway for Semantic Web, Linked Data, and Web Services

    荒川 和晴

    Bioinformatics Open Source Conference (Boston, USA) , 2010年07月, 口頭(一般)

  • Comparative metabolome profiling of active and anhydrobiotic states of Tardigrade Ramazzottius varieornatus

    荒川 和晴

    ISEPEP3 (Tsukuba, Japan) , 2009年08月, ポスター(一般)

  • The tardigrade genome of an anhydrobiotic extremotolerant species, Ramazzottius varieornatus

    荒川 和晴

    ISEPEP3 (Tsukuba, Japan) , 2009年08月, 口頭(一般)

  • The tardigrade genome of an anhydrobiotic extremotolerant species, Ramazzottius varieornatus

    荒川 和晴

    11th International Symposium on Tardigrada (Tuebingen, Germany) , 2009年08月, 口頭(一般)

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競争的資金等の研究課題 【 表示 / 非表示

  • マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明

    2017年04月
    -
    2021年03月

    文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 荒川 和晴, 基盤研究(B), 補助金,  代表

受賞 【 表示 / 非表示

  • Oxford Journals - Japanese Society for Bioinformatics Prize

    荒川和晴, 2016年10月, 日本バイオインフォマティクス学会, 細胞内ダイナミクスのマルチオミクス解析

  • Mathup Award 4th: Google賞

    荒川 和晴, 2008年10月, Genome Projector

    受賞区分: その他の賞

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    多次元尺度・多視点のゲノムブラウザウェブアプリケーションGenome Projectorを開発した。

  • CBI学会優秀ポスター賞

    荒川 和晴, 2003年09月

    受賞区分: 国内学会・会議・シンポジウム等の賞

  • 慶應義塾塾長賞

    荒川 和晴, 2003年03月, ゲノム解析ソフトウェアG-language

    受賞区分: 塾内表彰等

  • ISMB Best Poster Award

    荒川 和晴, 2002年08月, G-language Genome Analysis Environment

    受賞区分: 国内外の国際的学術賞

 

担当授業科目 【 表示 / 非表示

  • ゲノム解析ワークショップ

    2021年度

  • 特別研究プロジェクトB

    2021年度

  • 研究会B

    2021年度

  • 微生物学

    2021年度

  • 修士研究会

    2021年度

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所属学協会 【 表示 / 非表示

  • 生命情報科学若手の会, 

    2008年12月
    -
    2014年
  • オープンバイオ研究会, 

    2004年
    -
    継続中
  • International Society for Computational Biology, 

    2001年
    -
    継続中
  • 日本バイオインフォマティクス学会, 

    1999年
    -
    継続中
  • 日本分子生物学会, 

    1999年
    -
    継続中

委員歴 【 表示 / 非表示

  • 2008年12月
    -
    継続中

    委員, 生命情報科学若手の会

  • 1999年
    -
    継続中

    会員, 日本分子生物学会

  •  

    委員, オープンバイオ研究会

  •  

    会員, International Society for Computational Biology

  •  

    会員, 日本バイオインフォマティクス学会

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