慶應義塾研究者情報データベース

経歴 【 表示 ／ 非表示 】

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• 2007年04月

  -

  2009年03月

  慶應義塾大学 大学院 政策・メディア研究科 , 特別研究助教

• 2009年04月

  -

  2014年03月

  慶應義塾大学 大学院 政策・メディア研究科 , 特任講師

• 2014年04月

  -

  2017年03月

  慶應義塾大学 大学院 政策・メディア研究科, 特任准教授

• 2017年04月

  -

  継続中

  慶應義塾大学環境情報学部, 准教授

学位 【 表示 ／ 非表示 】

学位 【 表示 ／ 非表示 】

• 政策・メディア, 慶應義塾大学, 課程, 2006年03月

研究分野 【 表示 ／ 非表示 】

研究分野 【 表示 ／ 非表示 】

• ライフサイエンス / 分子生物学

• ライフサイエンス / ゲノム生物学 （応用ゲノム科学）

• ライフサイエンス / システムゲノム科学

研究キーワード 【 表示 ／ 非表示 】

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• システム生物学

• バイオインフォマティクス

• 分子生物学

• 細胞生物学

著書 【 表示 ／ 非表示 】

著書 【 表示 ／ 非表示 】

• オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス

  荒川 和晴, 東京電機大学出版, 2008年03月

  担当範囲: 250

• RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス

  R.ジェントルマン, V.J.カリー, W.フーバー, R.A.イリザリー, S.ドュドイト著 ; 荒川和晴, 粕川雄也, 川路英哉, 河野信, 神田将和ほか訳, シュプリンガー・ジャパン, 2007年07月

• ゲノム配列に基づいた全代謝パスウェイモデルの自動生成

  荒川 和晴, 慶應義塾大学湘南藤沢学会, 2006年04月

論文 【 表示 ／ 非表示 】

論文 【 表示 ／ 非表示 】

• Complete genome sequence of Solobacterium moorei 10714-02 isolated from the stool of a human colorectal cancer patient

  Shinomiya A., Oshibuchi K., Yang J., Fukuda S., Arakawa K.

  Microbiology Resource Announcements 15 （ 2 ）  2026年02月

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  We report the complete circular genome sequence (2,316,546 bp; 37.0% G + C) of Solobacterium moorei 10714-02, a gram-positive obligate anaerobe isolated from stool samples of a human colorectal cancer patient, differing from the typically linear chromosome of this species.

  • Access to Document (DOI)

• Genome-wide association study of plasma amino acids and Mendelian randomization for cardiometabolic traits

  Toki R., Fushiki S., Kojima S., Sutoh Y., Otsuka-Yamasaki Y., Harada S., Iida M., Hirata A., Miyagawa N., Matsumoto M., Edagawa S., Miyake A., Kuwabara K., Hirayama A., Sugimoto M., Sato A., Amano K., Soga T., Tomita M., Arakawa K., Kinoshita K., Sakurai-Yageta M., Tamiya G., Ohmomo H., Shimizu A., Okamura T., Takebayashi T.

  Scientific Reports 15 （ 1 ）  2025年12月

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  Plasma amino acids (AAs) have emerged as promising biomarkers for metabolic disorders, yet their causality remains unclear. We aimed to investigate the genetic determinants of AA levels in a cohort of 10,333 individuals and their causal effects on cardiometabolic traits using Mendelian randomization (MR). Plasma levels of 20 AAs were quantified using capillary electrophoresis mass spectrometry. Genome-wide association studies were conducted using BOLT-LMM and heritability estimation via LDSC analysis. Causal effects of AAs on 11 cardiometabolic traits were examined using two-sample MR analyses. We identified 85 locus-metabolite associations across 43 genes for 18 AAs, including 44 novel loci linked to metabolic genes. Heritability for AAs was estimated at 16%. MR analysis demonstrated cystine to positively associate with systolic blood pressure (SBP) (β = 0.056, SE = 0.010), while serine indicated protective effects on SBP (β = − 0.040, SE = 0.011), diastolic BP (β = − 0.044, SE = 0.010), and coronary artery disease (odds ratio 0.888, SE = 0.028). We identified potentially novel genetic loci associated with AA levels and demonstrated robust causal associations between several AAs and cardiometabolic traits. These findings reinforce the importance of AAs as potential biomarkers and therapeutic targets in cardiometabolic health.

  • Access to Document (DOI)

• Rhizospheric microbiomes differ between dormant and active Potaninia mongolica in the Gobi desert of Mongolia

  Erdenetsetseg B., Arakawa K., Galipon J., Undrakhbold S., Fukuda S., Boldgiv B.

  Scientific Reports 15 （ 1 ）  2025年12月

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  Rhizospheric microbiomes differ between active and dormant plants due to changes in root activity and exudate production, especially under environmental stress. In arid regions, native plants such as Potaninia mongolica Maxim enter dormancy to survive harsh conditions. However, rhizospheric microbial and chemical differences between active and dormant states of plants remain poorly described. This study investigated rhizospheric microbial communities and soil chemical changes in the case of active and dormant P.mongolica plants. Rhizospheric soil samples were collected, and soil texture and chemical variables were analyzed. High-throughput sequencing targeting the 16S rRNA and ITS regions was conducted to profile bacterial and fungal communities, respectively. Results showed that the dominant fungal phyla were Ascomycota and Basidiomycota, while Proteobacteria and Actinobacteria were the dominant bacterial phyla in both plant states. Although bacterial diversity did not differ significantly between active and dormant plants (p > 0.05, Welch’s t-test), fungal diversity was significantly different. Among soil chemical variables, total nitrogen was notably elevated in the rhizosphere of dormant plants (mean = 7.93; SD = 5.91). These findings reveal differences in fungal community structure and nitrogen levels in the rhizosphere between active and dormant plant states. Understanding these interactions contributes to our knowledge of desert plant microbiome dynamics and may inform the use of microbial indicators or amendments to support vegetation restoration in arid environments.

  • Access to Document (DOI)

• Causal relationship between body mass index and insulin resistance: Linear and nonlinear Mendelian randomization study in a Japanese population

  Ishida N., Harada S., Toki R., Hirata A., Matsumoto M., Miyagawa N., Iida M., Edagawa S., Miyake A., Kuwabara K., Shibuki T., Kato S., Arakawa K., Kinoshita K., Sakurai-Yageta M., Tamiya G., Nagashima K., Muraoka H., Sato Y., Takebayashi T.

  Journal of Diabetes Investigation 16 （ 7 ） 1305 - 1314 2025年07月

  ISSN  20401116

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  Aims/Introduction: Obesity is a known risk factor for several chronic diseases, including type 2 diabetes mellitus, which results from increased insulin resistance and impaired insulin secretion. However, the association between obesity and insulin resistance in Asian populations has not yet been fully elucidated. Therefore, we aimed to investigate the causal relationship between body mass index (BMI) and glycemic traits using Mendelian randomization (MR). Materials and Methods: We performed individual-level MR analyses using genetic risk scores based on BMI-related variants in 3,745 individuals without diabetes mellitus from a Japanese cohort. We examined heterogeneity through subgroup analyses based on potential modifiers and determined the shape of the causal relationship using nonlinear MR analyses to further assess the impact of BMI on the homeostasis model assessment of insulin resistance (HOMA-IR). Results: MR analyses revealed a significant positive association between BMI and HOMA-IR (β = 0.077; 95% confidence interval, 0.014–0.141; P = 0.016; outcome variable was log-transformed and standardized). Additional analyses revealed heterogeneity among subgroups differentiated by age, sex, lifestyle habits, and cardiometabolic traits. Nonlinear MR analyses suggested a potential J-shaped causal relationship between BMI and HOMA-IR. Conclusions: Our findings demonstrated that obesity and low BMI may contribute to increased insulin resistance. Furthermore, the impact of BMI on insulin resistance could vary owing to effect modification. Managing BMI is crucial in individuals at high risk of increased insulin resistance and may have important implications for preventing type 2 diabetes, especially given the low insulin secretory capacity observed in East Asian populations.

  • Access to Document (DOI)

• Uncommon N-Glycan Structures in Anhydrobiotic Tardigrades

  Yagi H., Saito T., Guu S.Y., Yamakawa N., Shimamura S., Kondo S., Yagi-Utsumi M., Takai K., Furukawa J.I., Guérardel Y., Khoo K.H., Arakawa K., Kato K.

  Molecular and Cellular Proteomics 24 （ 6 ）  2025年06月

  ISSN  15359476

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  We characterized the N-glycosylation profiles of anhydrobiotic tardigrades, Ramazzottius varieornatus and Hypsibius exemplaris, identifying high-mannose, paucimannose, and complex-type oligosaccharides, while hybrid-type glycans were undetectable. Notably, paucimannose-type oligosaccharides accounted for 39% of the N-glycans in R. varieornatus and 17% in H. exemplaris, with a substantial proportion of them exhibiting fucosylation of the innermost GlcNAc via an α1,6-linkage. This core fucosylation pattern, common to all animals, was observed alongside a distinctive glycosylation signature prominently observed in tardigrades: complex-type glycans lacking galactosylation but containing α1,3-fucosylated GlcNAc at non-reducing termini. This structure was more prevalent in H. exemplaris, with 22 out of 87 identified glycoproteins expressing the Fucα1,3-GlcNAc motif, including eight induced during anhydrobiosis. Key glycoproteins such as Cu/Zn-superoxide dismutase and papilin, implicated in oxidative stress protection and extracellular matrix remodeling, were among those modified. Comparative analyses reveal that non-reducing terminal α1,3-fucosylation in tardigrades is distinct from the mammalian Lewis X antigen and similar structures found in invertebrates, suggesting a unique substrate specificity of fucosyltransferases in these species. Genomic analysis identified homologs of FUT9 and FucTC, indicating potential candidates responsible for this glycosylation pattern. Our findings provide new insights into the molecular mechanisms of glycosylation in tardigrades and their relevance to their extreme stress tolerance.

  • Access to Document (DOI)

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KOARA（リポジトリ）収録論文等 【 表示 ／ 非表示 】

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• 巻頭言

  荒川, 和晴

  Keio SFC journal （慶應SFC学会）  22 （ 2 ） 6 - 7 2022年

  ISSN  13472828

• 最強生物クマムシの乾眠メカニズムの解析

  荒川, 和晴

  Keio SFC journal （慶應SFC学会）  22 （ 2 ） 178 - 190 2022年

  ISSN  13472828

• マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明

  荒川, 和晴

  科学研究費補助金研究成果報告書 2020年

• クモの寄生バチによる造網行動操作の分子機構解明とクモ糸遺伝子探索

  荒川, 和晴

  科学研究費補助金研究成果報告書 2017年

• クマムシ : 極限環境を生きる究極生物

  荒川, 和晴

  Keio SFC journal （慶應義塾大学湘南藤沢学会）  15 （ 1 ） 246 - 260 2015年

  ISSN  13472828

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総説・解説等 【 表示 ／ 非表示 】

総説・解説等 【 表示 ／ 非表示 】

• Progress in research on water bears presented at the 15th International Symposium on Tardigrada (Kraków, 22nd–26th of August 2022)

  Michalczyk Ł., Gross V., Arakawa K.

  Zoological Journal of the Linnean Society 200 （ 1 ） 1 - 11 2024年01月

  ISSN  00244082

  • Access to Document (DOI)

• Reply to Tanaka and Kunieda: Control protein GFP also shows a mesh-like structure in desiccating tardigrade cells

  Tanaka S., Arakawa K.

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 120 （ 48 ）  2023年

  ISSN  00278424

  • Access to Document (DOI)

• Correction: Complete Genome Sequence of Adlercreutzia equolifaciens subsp. celatus JCM 14811T (Microbiology Resource Announcements (2021) 10:19 (e00354-21) DOI: 10.1128/MRA.00354-21)

  Takahashi H., Yang J., Yamamoto H., Fukuda S., Arakawa K.

  Microbiology Resource Announcements 10 （ 22 ）  2021年06月

  　概要を見る

  The title should read as given in this correction, and DSM 18785 should be changed to JCM 14811T throughout. We primarily referred to the strain using the DSM strain number. However, the strain was obtained through RIKEN BRC, and RIKEN BRC requires the use of their JCM strain number. We apologize for the inconvenience caused.

  • Access to Document (DOI)

• Reconsidering the “glass transition” hypothesis of intrinsically unstructured CAHS proteins in desiccation tolerance of tardigrades

  Arakawa K., Numata K.

  Molecular Cell 81 （ 3 ） 409 - 410 2021年02月

  ISSN  10972765

  • Access to Document (DOI)

• Publisher Correction: Base editors for simultaneous introduction of C-to-T and A-to-G mutations (Nature Biotechnology, (2020), 38, 7, (865-869), 10.1038/s41587-020-0509-0)

  Sakata R.C., Ishiguro S., Mori H., Tanaka M., Tatsuno K., Ueda H., Yamamoto S., Seki M., Masuyama N., Nishida K., Nishimasu H., Arakawa K., Kondo A., Nureki O., Tomita M., Aburatani H., Yachie N.

  Nature Biotechnology （Nature Biotechnology）  38 （ 7 ）  2020年07月

  ISSN  10870156

  　概要を見る

  © 2020, The Author(s), under exclusive licence to Springer Nature America, Inc. An amendment to this paper has been published and can be accessed via a link at the top of the paper.

  • Access to Document (DOI)

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研究発表 【 表示 ／ 非表示 】

研究発表 【 表示 ／ 非表示 】

• 複製によって形成されたバクテリアゲノム構造の解析

  荒川 和晴

  [国内会議]  日本進化学会 （東京） , 

  2010年08月

  , 

  口頭発表（一般）

• G-language Bookmarklet: a gateway for Semantic Web, Linked Data, and Web Services

  荒川 和晴

  [国際会議]  Bioinformatics Open Source Conference （Boston, USA） , 

  2010年07月

  , 

  口頭発表（一般）

• The tardigrade genome of an anhydrobiotic extremotolerant species, Ramazzottius varieornatus

  荒川 和晴

  [国際会議]  ISEPEP3 （Tsukuba, Japan） , 

  2009年08月

  , 

  口頭発表（一般）

• Comparative metabolome profiling of active and anhydrobiotic states of Tardigrade Ramazzottius varieornatus

  荒川 和晴

  [国際会議]  11th International Symposium on Tardigrada （Tuebingen, Germany） , 

  2009年08月

  , 

  口頭発表（一般）

• Draft genome sequence assembly and preliminary annotations of Ramazzottius varieornatus genome

  荒川 和晴

  [国際会議]  11th International Symposium on Tardigrada, 2009 （Tuebingen, Germany） , 

  2009年08月

  , 

  口頭発表（一般）

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競争的研究費の研究課題 【 表示 ／ 非表示 】

競争的研究費の研究課題 【 表示 ／ 非表示 】

• クマムシ特異的非ドメイン型タンパク質の探索と機能解析

  2021年09月

  -

  2026年03月

  文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 荒川 和晴, 学術変革領域研究(A), 補助金,  研究代表者

• マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明

  2017年04月

  -

  2021年03月

  文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 荒川　和晴, 基盤研究(B), 補助金,  研究代表者

受賞 【 表示 ／ 非表示 】

受賞 【 表示 ／ 非表示 】

• Oxford Journals - Japanese Society for Bioinformatics Prize

  荒川和晴, 2016年10月, 日本バイオインフォマティクス学会, 細胞内ダイナミクスのマルチオミクス解析

• Mathup Award 4th: Google賞

  荒川 和晴, 2008年10月, Genome Projector

  受賞区分： その他

  　説明を見る

  多次元尺度・多視点のゲノムブラウザウェブアプリケーションGenome Projectorを開発した。

• CBI学会優秀ポスター賞

  荒川 和晴, 2003年09月

  受賞区分： 国内学会・会議・シンポジウム等の賞

• 慶應義塾塾長賞

  荒川 和晴, 2003年03月, ゲノム解析ソフトウェアG-language

  受賞区分： 塾内表彰等

• ISMB Best Poster Award

  荒川 和晴, 2002年08月, G-language Genome Analysis Environment

  受賞区分： 国内外の国際的学術賞

担当授業科目 【 表示 ／ 非表示 】

担当授業科目 【 表示 ／ 非表示 】

• ゲノム解析ワークショップ

  2025年度

• 生命システム

  2025年度

• 特別研究プロジェクトＢ

  2025年度

• 土壌生物資源学

  2025年度

• 研究会Ｂ

  2025年度

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所属学協会 【 表示 ／ 非表示 】

所属学協会 【 表示 ／ 非表示 】

• 生命情報科学若手の会, 

  2008年12月

  -

  2014年

• オープンバイオ研究会, 

  2004年

  -

  継続中

• International Society for Computational Biology, 

  2001年

  -

  継続中

• 日本バイオインフォマティクス学会, 

  1999年

  -

  継続中

• 日本分子生物学会, 

  1999年

  -

  継続中

委員歴 【 表示 ／ 非表示 】

委員歴 【 表示 ／ 非表示 】

• 2008年12月

  -

  継続中

  委員, 生命情報科学若手の会

• 1999年

  -

  継続中

  会員, 日本分子生物学会

• 　

  委員, オープンバイオ研究会

• 　

  会員, International Society for Computational Biology

• 　

  会員, 日本バイオインフォマティクス学会

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