泰岡 顕治 (ヤスオカ ケンジ)

Yasuoka, Kenji

写真a

所属(所属キャンパス)

理工学部 機械工学科 (矢上)

職名

教授

HP

外部リンク

経歴 【 表示 / 非表示

  • 1997年04月
    -
    1998年03月

    理化学研究所,基礎科学特別研究員

  • 1998年04月
    -
    2000年03月

    慶應義塾大学理工学部,助手

  • 1998年04月
    -
    継続中

    理化学研究所 ,共同研究員

  • 1999年01月
    -
    1999年03月

    科学技術振興事業団領域探索プログラム ,研究員

  • 2000年04月
    -
    2004年03月

    慶應義塾大学理工学部 ,専任講師

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学歴 【 表示 / 非表示

  • 1992年03月

    名古屋大学, 理学部, 物理学科

    大学, 卒業, その他

  • 1994年03月

    名古屋大学, 工学研究科, 応用物理学専攻

    大学院, 修了, 博士前期

  • 1997年03月

    名古屋大学, 工学研究科, 応用物理学専攻

    大学院, 修了, 博士後期

学位 【 表示 / 非表示

  • 博士(工学), 名古屋大学, 課程, 1997年03月

 

論文 【 表示 / 非表示

  • Mechanism for H<inf>2</inf>diffusion in sII hydrates by molecular dynamics simulations

    Hasegawa T., Brumby P.E., Yasuoka K., Sum A.K.

    Journal of Chemical Physics (Journal of Chemical Physics)  153 ( 5 )  2020年08月

    ISSN  00219606

     概要を見る

    © 2020 Author(s). Among the many different types of molecules that form clathrate hydrates, H2 is unique as it can easily diffuse into and out of clathrate cages, a process that involves the physical-chemical interactions between guest (H2) and host (water) molecules, and is unlike any other molecular system. The dynamic and nano-scale process of H2 diffusion into binary structure II hydrates, where the large cages are occupied by larger molecules, was studied using molecular dynamics simulation. As the H2 molecules diffused from one cage to another, two types of diffusion processes were observed: (i) when moving between a pair of large cages, the H2 molecules pass through the central part of the hexagonal rings; (ii) however, when the H2 molecules move from a large cage to a small one, it requires one of the pentagonal rings to partially break, as this allows the H2 molecule to pass through the widened space. While the diffusion of H2 molecules between large cages was found to occur more frequently, the presence of SF6 molecules in the large cages was found to inhibit diffusion. Therefore, in order to attain higher H2 storage capacities in binary hydrates, it is suggested that there is an optimal number of large cages that should be occupied by SF6 molecules.

  • Dataflow programming for the analysis of molecular dynamics with AViS, an analysis and visualization software application

    Pua K., Yuhara D., Ayuba S., Yasuoka K.

    PLoS ONE (PLoS ONE)  15 ( 4 )  2020年04月

     概要を見る

    © 2020 Pua et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited. The study of molecular dynamics simulations is largely facilitated by analysis and visualization toolsets. However, these toolsets are often designed for specific use cases and those only, while scripting extensions to such toolsets is often exceedingly complicated. To overcome this problem, we designed a software application called AViS which focuses on the extensibility of analysis. By utilizing the dataflow programming (DFP) paradigm, algorithms can be defined by execution graphs, and arbitrary data can be transferred between nodes using visual connectors. Extension nodes can be implemented in either Python, C++, and Fortran, and combined in the same algorithm. AViS offers a comprehensive collection of nodes for sophisticated visualization state modifications, thus greatly simplifying the rules for writing extensions. Input files can also be read from the server automatically, and data is fetched automatically to improve memory usage. In addition, the visualization system of AViS uses physically-based rendering techniques, improving the 3D perception of molecular structures for interactive visualization. By performing two case studies on complex molecular systems, we show that the DFP workflow offers a much higher level of flexibility and extensibility when compared to legacy workflows.

  • A biointerface effect on the self-assembly of ribonucleic acids: A possible mechanism of RNA polymerisation in the self-replication cycle

    Arai N., Kobayashi Y., Yasuoka K.

    Nanoscale (Nanoscale)  12 ( 12 ) 6691 - 6698 2020年03月

    ISSN  20403364

     概要を見る

    © 2020 The Royal Society of Chemistry. Despite decades of intensive research, many questions remain on the formation and growth of the first cells on Earth. Here, we used computer simulation to compare the self-assembly process of ribonucleic acids in two environments: Enclosed in a vesicle-cell membrane and in the bulk. The self-assembly was found to be more favoured in the former environment, and the origin of such a biointerface effect was identified. These results will contribute to a better understanding of the origin of life on the primitive Earth.

  • The acidic tail of HMGB1 regulates its secondary structure and conformational flexibility: A circular dichroism and molecular dynamics simulation study

    Anggayasti W.L., Ogino K., Yamamoto E., Helmerhorst E., Yasuoka K., Mancera R.L.

    Computational and Structural Biotechnology Journal (Computational and Structural Biotechnology Journal)  18   1160 - 1172 2020年

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    © 2020 The Author(s) High mobility group box 1 (HMGB1) is a damage-associated molecular pattern (DAMP) molecule that triggers the progression of several pro-inflammatory diseases such as diabetes, Alzheimer's disease and cancer, by inducing signals upon interaction with the receptors such as the receptor for advanced glycation end-products (RAGE) and toll-like receptors (TLRs). The acidic C-terminal tail of HMGB1 is an intrinsically disordered region of the protein which is known to determine the interaction of HMGB1 to DNA and histones. This study characterizes its structural properties using a combination of circular dichroism (CD) and molecular dynamics (MD) simulations. The full-length and tail-less forms of HMGB1 were compared to rationalise the role of the acidic tail in maintaining the stability of the entire structure of HMGB1 in atomistic detail. Consistent with experimental data, the acidic tail was predicted to adopt an extended conformation that allows it to make a range of hydrogen-bonding and electrostatic interactions with the box-like domains that stabilize the overall structure of HMGB1. Absence of the acidic tail was predicted to increase structural fluctuations of all amino acids, leading to changes in secondary structure from α-helical to more hydrophilic turns along with increased exposure of multiple amino acids to the surrounding solvent. These structural changes reveal the intrinsic conformational dynamics of HMGB1 that are likely to affect the accessibility of its receptors.

  • Crystal Engineering of Bi<inf>2</inf>WO<inf>6</inf> to Polar Aurivillius-Phase Oxyhalides

    Morita K., Park J., Kim S., Yasuoka K., Walsh A.

    Journal of Physical Chemistry C (Journal of Physical Chemistry C)  123 ( 48 ) 29155 - 29161 2019年12月

    ISSN  19327447

     概要を見る

    © 2019 American Chemical Society. The Aurivillius phases of complex bismuth oxides have attracted considerable attention because of their lattice polarization (ferroelectricity) and photocatalytic activity. We report a first-principles exploration of Bi2WO6 and the crystal engineering through replacing W6+ by pentavalent (Nb5+ and Ta5+) and tetravalent (Ti4+ and Sn4+) ions, with charge neutrality maintained by the formation of a mixed anion oxyhalide sublattice. We find that Bi2SnO4F2 is thermodynamically unstable, in contrast to Bi2TaO5F, Bi2NbO5F, and Bi2TiO4F2. The electric dipoles introduced by chemical substitutions in the parent compound are found to suppress the spontaneous polarization from 61.55 μC/cm2 to below 15.50 μC/cm2. Analysis of the trends in electronic structure, surface structure, and ionization potentials is reported. This family of materials can be further extended with control of layer thicknesses and choice of compensating halide species.

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KOARA(リポジトリ)収録論文等 【 表示 / 非表示

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総説・解説等 【 表示 / 非表示

  • 分子動力学シミュレーションによる細胞膜表面での水分子の異常拡散の解明

    山本詠士, 秋元琢磨, 泰岡顕治

    生物物理 (一般社団法人 日本生物物理学会)   2015年10月

    総説・解説(学術雑誌), 共著

研究発表 【 表示 / 非表示

  • FMO計算に基づくマルチスケールシミュレーションのナノバイオ系への応用

    奥脇 弘次, 土居 英男, 望月 祐志, 小沢 拓, 泰岡 顕治, 福澤 薫

    第65回応用物理学会春期学術講演会 (東京) , 2018年03月, 口頭(一般)

  • FMO計算に基づくマルチスケールシミュレーション環境の構築

    奥脇 弘次, 土居 英男, 望月 祐志, 小沢 拓, 泰岡 顕治, 福澤 薫

    2017年度 高分子基礎物性研究会・高分子計算機科学研究会 合同討論会 (東京) , 2018年03月, 口頭(一般)

  • 高分子ダイナミクスの普遍性を応用した分子シミュレーションの階層間接続

    高橋和義,西村龍斗,大和伸好,泰岡顕治,増渕雄一

    第31回分子シミュレーション討論会, 2017年11月, ポスター(一般), 石川

  • FDPS を用いた水の分子動力学シミュレーション

    野村 昴太郎 ,岩澤全規,行方大輔,野澤拓磨,泰岡顕治,牧野淳一郎

    第31回分子シミュレーション討論会 (石川) , 2017年11月, ポスター(一般)

  • FDPS を用いた水の分子動力学シミュレーション

    野村 昴太郎 ,岩澤全規,行方大輔,野澤拓磨,泰岡顕治,牧野淳一郎

    第31回分子シミュレーション討論会 (石川) , 2017年11月, ポスター(一般)

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競争的資金等の研究課題 【 表示 / 非表示

  • クラスレート水和物の相平衡条件の分子論的予測手法の開発

    2015年04月
    -
    2020年03月

    文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 泰岡 顕治, 基盤研究(A), 補助金,  代表

受賞 【 表示 / 非表示

  • Gordon Bell Prize (Price Performance Category)

    Tsuyoshi Hamada, Kiyoshi Oguri, Rio Yokota, Keigo Nitadori, Makoto Taiji, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, 2009年11月, 42 TFlops Hierarchical N-body Simulations on GPUs with Applications in both Astrophysics and Turbulence

    受賞区分: 国内外の国際的学術賞

  • 分子シミュレ―ション研究会学術賞

    泰岡 顕治, 2006年11月, 分子シミュレ―ション研究会, 流体の界面現象・核生成現象の微視的機構の大規模分子シミュレーションによる研究

    受賞区分: 国内学会・会議・シンポジウム等の賞

  • Gordon Bell Prizes(Peak Performance Category)

    泰岡 顕治, 2000年11月, 米国電気電子技術学会コンピュータ協会(IEEE Computer Society)

  • 第8回計算力学講演会(日本機械学会計算力学部門)学生優秀講演賞

    泰岡 顕治, 1995年11月, 日本機械学会

 

担当授業科目 【 表示 / 非表示

  • 機械工学総合実験

    2021年度

  • 学外実習

    2021年度

  • 分子動力学

    2021年度

  • 機械工学ものづくりプロジェクト

    2021年度

  • 大規模環境システム構築法

    2021年度

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所属学協会 【 表示 / 非表示

  • 日本機械学会, 

    1998年04月
    -
    継続中
  • 日本伝熱学会, 

    1998年04月
    -
    継続中
  • 日本設計工学会, 

    1998年04月
    -
    2003年03月
  • 日本物理学会, 

    1994年04月
    -
    継続中
  • 日本熱物性学会, 

    1994年04月
    -
    継続中

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委員歴 【 表示 / 非表示

  • 2017年01月
    -
    継続中

    事務局長, 分子シミュレーション研究会

  • 2015年01月
    -
    継続中

    幹事, 分子シミュレーション研究会

  • 2015年01月
    -
    2016年12月

    編集委員会委員長, 分子シミュレーション研究会

  • 2014年11月
    -
    2016年12月

    実行委員, Asian Thermophysical Properties Conference 2016 (ATPC2016)

  • 2014年04月
    -
    2014年12月

    実行委員, International Symposium on Extended Molecular Dynamics and Enhanced Sampling:Nosé Dynamics 30 Years (NOSE30)

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