Arai, Midori

写真a

Affiliation

Faculty of Science and Technology, Department of Biosciences and Informatics (Yagami)

Position

Professor

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Career 【 Display / hide

  • 1997.04
    -
    2000.03

    日本学術振興会 DC1

  • 2000.04
    -
    2003.03

    日本学術振興会 特別研究員 PD

  • 2001.01
    -
    2002.03

    Harvard University, 博士研究員

  • 2003.04
    -
    2004.03

    理化学研究所, 基礎科学特別研究員

  • 2004.04
    -
    2006.03

    帝京大学薬学部, 助手

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Academic Background 【 Display / hide

  • 1991.04
    -
    1995.03

    The University of Tokyo, 薬学部, 製薬化学科

    University, Graduated, Other

  • 1995.04
    -
    1997.03

    The University of Tokyo, 大学院薬学研究科

    Graduate School, Completed, Master's course

  • 1997.04
    -
    2000.03

    The University of Tokyo, 大学院薬学研究科

    Graduate School, Completed, Doctoral course

Academic Degrees 【 Display / hide

  • 博士(薬学), The University of Tokyo, Coursework, 2000.03

Licenses and Qualifications 【 Display / hide

  • 薬剤師, 2000.06

 

Research Areas 【 Display / hide

  • Life Science / Pharmaceutical chemistry and drug development sciences (天然物化学,ケミカルバイオロジー)

Research Keywords 【 Display / hide

  • ケミカルバイオロジー

  • 天然物化学

Research Themes 【 Display / hide

  • 天然物ケミカルバイオロジー, 

    2020.04
    -
    Present

 

Books 【 Display / hide

  • Development of the first spiro bis (isoxazoline) ligands (SPRIXs)

    My Favorite Organic Synthesis The Society of Synthetic Organic Chemistry, Japan Ed., 2002

Papers 【 Display / hide

  • Natural Compounds with BMI1 Promoter Inhibitory Activity from <i>Mammea siamensis</i> and <i>Andrographis paniculata</i>

    Fujii Kazuki, Hara Yasumasa, Arai Midori A., Sadhu Samir K., Ahmed Firoj, Ishibashi Masami

    Chemical and Pharmaceutical Bulletin (The Pharmaceutical Society of Japan)  70 ( 12 ) 885 - 891 2022.12

    ISSN  00092363

     View Summary

    <p>A new coumarin derivative (<b>1</b>) and 30 known compounds were isolated from <i>Mammea siamensis</i> and <i>Andrographis paniculata</i>, guided by B cell-specific Moloney murine leukemia virus insertion region 1 (BMI1) promoter inhibitory activity. Among the isolated compounds, 15 compounds showed BMI1 promoter inhibitory activity, and five compounds were found to be cytotoxic. 14-Deoxy-11,12-dehydroandrographolide (<b>18</b>) was highly cytotoxic to DU145 cells with an IC<sub>50</sub> value of 25.4 µM. Western blotting analysis of compound <b>18</b> in DU145 cells suggested that compound <b>18</b> suppresses BMI1 expression.</p>

  • 病原微生物の浸潤進化に学ぶ休眠遺伝子活性化と創薬

    荒井 緑

    上原記念生命科学財団研究報告集 ((公財)上原記念生命科学財団)  36   1 - 5 2022.12

  • Dihydromaniwamycin E, a Heat-Shock Metabolite from Thermotolerant Streptomyces sp. JA74, Exhibiting Antiviral Activity against Influenza and SARS-CoV-2 Viruses

    S Saito, K Funayama, W Kato, M Okuda, M Kawamoto, T Matsubara, ...

    Journal of Natural Products 85 (11), 2583-2591 (American Chemical Society (ACS))  85 ( 11 ) 2583 - 2591 2022.11

    ISSN  01633864

     View Summary

    Dihydromaniwamycin E (1), a new maniwamycin derivative featuring an azoxy moiety, has been isolated from the culture extract of thermotolerant Streptomyces sp. JA74 along with the known analogue maniwamycin E (2). Compound 1 is produced only by cultivation of strain JA74 at 45 °C, and this type of compound has been previously designated a "heat shock metabolite (HSM)" by our research group. Compound 2 is detected as a production-enhanced metabolite at high temperature. Structures of 1 and 2 are elucidated by NMR and MS spectroscopic analyses. The absolute structure of 1 is determined after the total synthesis of four stereoisomers. Though the absolute structure of 2 has been proposed to be the same as the structure of maniwamycin D, the NMR and the optical rotation value of 2 are in agreement with those of maniwamycin E. Therefore, this study proposes a structural revision of maniwamycins D and E. Compounds 1 and 2 show inhibitory activity against the influenza (H1N1) virus infection of MDCK cells, demonstrating IC50values of 25.7 and 63.2 μM, respectively. Notably, 1 and 2 display antiviral activity against SARS-CoV-2, the causative agent of COVID-19, when used to infect 293TA and VeroE6T cells, with 1 and 2 showing IC50values (for infection of 293TA cells) of 19.7 and 9.7 μM, respectively. The two compounds do not exhibit cytotoxicity in these cell lines at those IC50concentrations.

  • Noaoxazole, a new heat shock metabolite produced by thermotolerant Streptomyces sp. HR41

    S Saito, S Suzuki, MA Arai

    The Journal of Antibiotics 75 (9), 509-513 (Springer Science and Business Media LLC)  75 ( 9 ) 509 - 513 2022.09

    ISSN  00218820

     View Summary

    The thermotolerant strain Streptomyces sp. HR41 was found to produce compound 1 only in a 45 °C culture, and not at the standard temperature. We previously designated this type of compound as a “heat shock metabolite” (HSM). NMR and MS analytical techniques were used to determine that the chemical structure of 1 comprised a methylated-oxazole ring and a linear chain moiety modified with a terminal amide group. Thus, 1 was shown to be a new curromycin analog, which we have designated noaoxazole (1). Compound 1 weakly activated Notch signal reporter activity without exhibiting cytotoxicity against assay cells at the same concentration.

  • Corrrection to “Two Bioactive Compounds, Uniformides A and B, Isolated from a Culture of <i>Nocardia uniformis</i> IFM0856<sup>T</sup> in the Presence of Animal Cells”

    Yasumasa Hara, Keiichiro Watanabe, Akiko Takaya, Itsuki Ebihara, Teruhisa Manome, Midori A. Arai, Takashi Yaguchi, Masami Ishibashi

    Organic Letters (American Chemical Society (ACS))  24 ( 31 ) 5867 - 5867 2022.08

    ISSN  1523-7060

     View Summary

    Two authors (Midori A. Arai and Itsuki Ebihara) and one affiliation (Faculty of Science and Technology, Keio University) were added to the contribution list. Page 4998, Abstract, and p 5000, Figure 3: The peaks for compounds 1 and 2 are reversed. (Figure Presented).

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Papers, etc., Registered in KOARA 【 Display / hide

Reviews, Commentaries, etc. 【 Display / hide

  • E3ユビキチンリガーゼプレートを用いた天然物由来tau分解分子糊の探索

    遠周 直人, 林 愛菜, 齋藤 駿, 荒井 緑

    日本生薬学会年会講演要旨集 ((一社)日本生薬学会)  68回   197 - 197 2022.08

    ISSN  0919-1992

  • Notchシグナル不活性型がんを標的とした微生物由来治療薬シードの探索

    鈴木 しいな, 齋藤 駿, 蒔田 吉功, 新家 一男, 荒井 緑

    日本生薬学会年会講演要旨集 ((一社)日本生薬学会)  68回   216 - 216 2022.08

    ISSN  0919-1992

  • 高活性Notchシグナル阻害剤を目指したaciculatin誘導体の創製

    成島 悠貴, 林 奈留美, 蒔田 吉功, 石橋 正己, 荒井 緑

    日本薬学会年会要旨集 ((公社)日本薬学会)  142年会   27PO5 - pm2 2022.03

    ISSN  0918-9823

  • 病原真菌と免疫細胞の共培養法を用いた休眠遺伝子活性化による新規天然物の探索

    氏江 優希子, 齋藤 駿, 矢口 貴志, 荒井 緑

    日本薬学会年会要旨集 ((公社)日本薬学会)  142年会   27PO1 - am2 2022.03

    ISSN  0918-9823

  • 耐熱性放線菌JA74株が生産する熱ショック代謝物maniwamycin類の全合成及び生物活性評価

    船山 佳世, 齋藤 駿, 加藤 航, 新藤 一敏, 川本 芽子, 松原 輝彦, 佐藤 智典, 乙黒 聡子, 前仲 勝実, 井本 正哉, 荒井 緑

    日本薬学会年会要旨集 ((公社)日本薬学会)  142年会   27T - am06S 2022.03

    ISSN  0918-9823

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Research Projects of Competitive Funds, etc. 【 Display / hide

  • Development of novel tau-degrading molecular glue from artificial natural product extract by protein bead method

    2023.06
    -
    2025.03

    挑戦的研究(萌芽), Principal investigator

  • 化合物潜在空間の深化に資する包括的活性評価と微生物由来天然物の拡充

    2023.04
    -
    2028.03

    Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A), No Setting

  • Development of bioactive compounds by activation of cryptic genes based on invasive evolution of pathogenic microorganisms

    2021.04
    -
    2024.03

    MEXT,JSPS, Grant-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Principal investigator

     View Summary

    我々は「病原微生物と動物細胞との共培養」による微生物の休眠遺伝子活性化法を開発した.本研究では病原微生物が免疫細胞の攻撃に打ち勝とうと,化合物を生産する能力に着目する.新規構造と新規活性の天然物が多く含まれる「共培養エキスライブラリー」を作成し,独自手法の「標的タンパク質指向型天然物単離法」によりタンパク質に結合する活性天然物を迅速に単離・構造決定する.得られた天然物の生物活性を検証し,神経再生,抗がんへも応用する.さらに合成化学,計算科学により誘導体展開しより高活性な化合物を得,作用機序解析を行いこれまでに無い新規医薬シード創出を目指す.
    放線菌や真菌は,多くの有用な化合物を提供してきた.しかしながらその遺伝子は2割程度しか働いておらず,新たな新規天然物を生産するであろう生合成遺伝子が眠ったままの休眠遺伝子であることがわかっている.我々は近年,病原放線菌と動物細胞の共培養法を開発し,休眠遺伝子活性化に成功している.この新規手法は,病原微生物が動物に感染する際の状況を再現し,疑似感染状態を模倣したもので,国内外でも初めての例であり独創的で新規性が高い.本研究では,本共培養法を病原真菌にも応用し,新たな共培養特異的化合物を見いだし,その生産機構に迫ることを目的とする.
    千葉大学真菌医学研究センターが保有する臨床検体から分離された病原真菌と免疫細胞(マウスマクロファージ様細胞)を様々な条件下共培養を行った.細胞のみの培養,菌のみの培養および,共培養の際の化合物生産をHPLCで比較し,共培養特異的化合物を見いだした.
    病原放線菌Nocardia tenerifensisとマウスマクロファージの共培養により生産されるnocarjamideの生産機構の解明に向け種々検討し,N. tenerifensisは,マクロファージの出す比較的大きいタンパク質に反応している可能性があると推定した.
    病原真菌Aspergillus属とマウスマクロファージ様細胞の共培養を行い,共培養特異的に産生される化合物を単離・構造決定した.また,RNA-seq.により,fumarylalanineの生合成クラスターSidEが共培養特異的に発現が上昇することを見いだした.Aspergillus属とマウスマクロファージ様細胞との共培養で,fumarylalanineの生合成が上昇し,化合物は,fumarylalanineを用いて生合成されたと推測した.
    病原放線菌Nocardia tenerifensisとマウスマクロファージの共培養により生産されるnocarjamideの生産機構の解明に一歩前進し,N. tenerifensisは,マクロファージの出す比較的大きいタンパク質に反応している可能性があると推定した.また,病原真菌Aspergillus属とマウスマクロファージ様細胞の共培養を行い,共培養特異的に産生される化合物を単離・構造決定し,RNA-seq.により,fumarylalanineの生合成クラスターSidEが共培養特異的に発現が上昇することを見いだした.共培養特異的化合物はfumarylalanineを用いて生合成されたと推測することができている.
    また,その他のAspergillus属において,動物細胞との共培養も検討しており,共培養特異的化合物を2種,単離・構造決定に進んでいる.
    また,その他の病原微生物と動物細胞との共培養も検討しており,共培養特異的化合物を2種得ており,構造解析中である.
    このように,他の共培養系でも共培養特異的化合物が得られているため,本研究は順調に進んでいる.
    今後は,現在,共培養特異的化合物が得られている,Aspergillus属,病原微生物の単離化合物の詳細な構造解析を行い,さらに,RNA-seqを用いて動物細胞との共培養で発現が上昇している遺伝子から生合成遺伝子を特定していく.さらに,その生合成遺伝子をノックアウトした際に化合物が産生されなくなるかも検証する.また,動物細胞との共培養で,どうして休眠遺伝子が活性化されるのかのメカニズム解析のため,微生物と細胞の接触が必要なのか,細胞の培養液のみの添加で微生物の休眠遺伝子が活性化されるのか,などを検討していく.
    また,今年度は,さらに異なるカテゴリーの微生物の使用も計画しており,本共培養系の応用範囲を検証していく.
    また,合成的なアプローチも計画しており,単離された共培養特異的化合物を有機合成的に供給し,その生物活性を検討していく.生物活性は,免疫抑制活性や,神経幹細胞の分化促進活性,がん細胞への毒性,がん細胞の遊走阻害活性などである.また,重要なシグナル伝達である,Wnt, Hedgehog, Notchシグナルの細胞アッセイ系も有しており,それらへの影響も検討する.

  • Search for bioactive natural products with overcoming effects on cancer-heterogeneity

    2020.04
    -
    2023.03

    Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Scientific Research (B), No Setting

     View Summary

    本研究では,がん幹細胞の生存と分裂を支えるがん微小環境(ニッチ)で亢進するシグナル分子をターゲットとして,「がん不均一性の克服」に寄与する低分子化合物を天然物から探索することを目的とする.そのような標的シグナルとして,幹細胞の自己複製に関わるウィント(Wnt),ヘッジホッグ(Hh),ノッチ(Notch),およびポリコーム構成分子BMI1などを取り上げる.これらは「幹細胞ニッチシグナル」とも呼ばれいくつかのシグナル阻害剤や創薬候補が見出されているものの十分ではない.本研究では天然物を素材対象として,これらシグナルに有効な作用を示す高活性天然機能分子の探索と開拓および機能解明を行う.
    本研究では,がん幹細胞の生存と分裂を支えるがん微小環境で亢進するシグナル分子に作用する天然物から探索することを目的とする.今回,がん選択的にアポトーシスを誘導するトレイル(TRAIL)やエピジェネティック遺伝子転写を制御するポリコーム構成分子の一つであるBMI1のプロモーター阻害作用等に関するスクリーニングを植物成分や真菌等の微生物由来成分を対象として行った.
    1)TRAIL耐性胃がん細胞を用いたスクリーニングにより,バングラデシュ産シンクシ科植物Terminalia belliricaから2種の新規化合物を含む4種のリグナンおよびガロイル化配糖体を単離した.このうちトリガロイル化グルコピラノースの1種は顕著なTRAIL耐性克服作用を示した.また,タイ産のミカン科植物Murraya exoticaから,TRAIL耐性克服作用をもつ一連のセスキテルペン類を単離した.そのうちdihydorxanthininはカスパーゼ3及び8の活性化,ならびにデスレセプターDR5等のタンパク質の発現増強,抗アポトーシス分子Bcl2の発現抑制等の作用を示した.
    2)千葉市産土壌から分離した真菌Clonostachys rogersoniana IFM66735の玄米培地培養エキスから,ジまたはトリスルフィド結合を含むインドール二量体型アルカロイド化合物を7種単離した.その中の1種のジスルフィド型二量体化合物sch52901は顕著なTRAIL耐性克服作用を示し,さらに低濃度(0.05-0.5μM)においてWntシグナル活性化作用を示すことが明らかとなった.
    3)BMI1に関するスクリーニングにより,タイ産マメ科植物Mammea siamensisより,新規化合物1種を含むクマリン型天然物11種およびフラボン型誘導体3種を単離した.このうちクマリン類8種は顕著なBMI1プロモーター阻害活性を示した.
    TRAIL,BMI1,およびWntシグナル等に対するスクリーニングを継続して行い,植物および真菌成分から数種の活性化合物を単離した.これらのスクリーニングを継続して行った結果,さらに複数のヒットサンプル(植物エキスおよび放線菌ならびに真菌培養エキス)が見出された.これらからさらに未知の活性天然物が単離されることが期待される.一方,これまでに得られた活性成分に対して,主にTRAIL耐性克服作用を示す天然物に対して,ウェスタンブロット法を用いた作用機構の解析を行い,シグナル経路を構成するタンパク質の増減等に関する知見が得られた.
    TRAILおよびBMI1シグナル等に対するスクリーニングを植物エキスや放線菌等のエキスを対象にさらに継続して行っていく.また,最近では,NO産生抑制活性に関するスクリーニングも実施しており,これまでに,興味深い活性を示すヒットサンプルがすでに複数種見つかっているので,活性成分の探索をさらに詳細にすすめていく.また,これまでに単離した天然物の中で,BMI1プロモーター阻害作用等の興味深い作用を示した活性成分を数種選別し,それらについての作用メカニズムを分子レベルで解析する実験をさらに進展させ,作用メカニズムの解析に関する実験を検討し実施する.

  • Development of signal modulators based on natural products for regulation of stem cells

    2018.04
    -
    2021.03

    Grants-in-Aid for Scientific Research, Arai Midori, Grant-in-Aid for Scientific Research (B), No Setting

     View Summary

    Although it is important for the maintenance of life in the living body, there is an important signal transduction that can be called a life-and-death balance, which causes illness once abnormally increased due to mutation. The search of bioactive natural products which can modulates these signal transductions have been conducted from subtropical plants and Actinomycetes extract library. The total synthesis of isolated compounds and derivatives. In addition, co-culture method of microorganism and animal cells was developed for activation method of cryptic genes.

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Awards 【 Display / hide

  • 長瀬研究振興賞

    2020.04, 公益財団法人 長瀬科学技術振興財団

  • The Pharmaceutical Society of Japan Award for Divisional Scientific Promotion

    ARAI Midori, 2019

  • The SJWS (Society of Japanese Women Scientists) Promoting Scientific Award

    ARAI Midori, 2014

  • Asian Core Program (Cutting-Edge Organic Chemistry in Asia) Lectureship Award

    ARAI Midori, 2012

  • The Morita award of Japanese Association of University Women

    ARAI Midori, 2011

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Courses Taught 【 Display / hide

  • TOPICS IN BIOSCIENCES AND INFORMATICS 1

    2023

  • SEMINAR IN BIOSCIENCES AND INFORMATICS

    2023

  • OFF-CAMPUS STUDY PROGRAM 3

    2023

  • OFF-CAMPUS STUDY PROGRAM 2

    2023

  • OFF-CAMPUS STUDY PROGRAM 1

    2023

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