齋藤 輪太郎 (サイトウ リンタロウ)

Saito, Rintaro

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所属(所属キャンパス)

政策・メディア研究科 (湘南藤沢)

職名

特任教授(有期)

HP

経歴 【 表示 / 非表示

  • 2000年04月
    -
    2002年03月

    理化学研究所, ゲノム科学総合研究センター, 研究員

  • 2002年04月
    -
    2011年01月

    慶應義塾大学, 環境情報学部, 専任講師(有期)

  • 2011年02月
    -
    2014年01月

    University of California, San Diego, Department of Medicine, Visiting Assistant Professor

  • 2014年03月
    -
    2017年07月

    University of California, San Diego, Department of Medicine, Associate Project Scientist

  • 2017年09月
    -
    継続中

    慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任教授

学歴 【 表示 / 非表示

  • 2000年03月

    慶應義塾大学, 政策・メディア研究科

    大学院, 修了, 博士

学位 【 表示 / 非表示

  • 学術, 慶應義塾大学, 2000年03月

 

研究分野 【 表示 / 非表示

  • 情報通信 / 生命、健康、医療情報学

 

著書 【 表示 / 非表示

  • 実験医学「Cytoscapeによる細胞内インタラクトームの解析」

    斎藤 輪太郎, 大野圭一朗, 羊土社, 2013年08月

    担当範囲: 2291-2297

  • 機能性non-coding RNA「バイオインフォマティクスを用いたnon-coding RNA予測の様々な試み」

    斎藤 輪太郎, クバプロ, 2006年04月

    担当範囲: 171-187

  • 人工知能学事典「モチーフ抽出」

    斎藤 輪太郎, 共立出版, 2005年12月

    担当範囲: 17-4

  • バイオインフォマティクスの基礎-ゲノム解析プログラミングを中心に

    冨田勝(監) 斎藤 輪太郎(著), サイエンス社, 2005年07月

  • ゲノムネットワーク「ゲノムワイドデータの精製」

    斎藤 輪太郎, 鈴木 治和, 冨田 勝, 共立出版, 2004年12月

    担当範囲: III 8

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論文 【 表示 / 非表示

  • Study Profile of the Tsuruoka Metabolomics Cohort Study (TMCS)

    Harada S, Iida M, Miyagawa N, Hirata A, Kuwabara K, Matsumoto M, Okamura T, Edagawa S, Kawada Y, Miyake A, Toki R, Akiyama M, Kawai A, Sugiyama D, Sato Y, Takemura R, Fukai K, Ishibashi Y, Kato S, Kurihara A, Sata M, Shibuki T, Takeuchi A, Kohsaka S, Sawano M, Shoji S, Izawa Y, Katsumata, Oki K, Takahashi S, Takizawa T, Maruya H, Nishiwaki Y, Kawasaki R, Hirayama A, Ishikawa T, Saito R, Sato A, Soga T, Sugimoto M, Tomita M, Komaki M, Ohmomo H, Ono K, Otsuka-Yamasaki Y, Shimizu A, Sutoh Y, Hozawa A, Kinoshita K, Koshiba S, Kumada K, Ogishima S, Sakurai-Yageta M, Tamiya G, Takebayashi T

    J Epidemiol 2023年

    研究論文(学術雑誌), 共著, 査読有り

  • Niacin restriction with NAMPT-inhibition is synthetic lethal 1 to neuroendocrine carcinoma

    Nomura M, Ohuchi M, Sakamoto Y, Kudo K, Yaku K, Soga T, Sugiura Y, Morita M, Hayashi K, Miyahara S, Sato T, Yamashita Y, Ito S, Kikuchi N, Sato I, Saito R, Yaegashi N, Fukuhara T, Yamada H, Shima H, Nakayama K, Hirao A, Kawasaki K, Arai Y, Akamatsu S, Tanuma S, Sato T, Nakagawa T, Tanuma N

    Nat Commun 2023年

    研究論文(学術雑誌), 共著, 査読有り

  • Suppression of mitochondrial respiration is a feature of cellular glucose toxicity

    Sharma K, Zhang G, Saito R

    Trans Am Clin Climatol Assoc 133   24 - 33 2023年

    共著

  • iDMET: network-based approach for integrating differential analysis of cancer metabolomics

    Matsuta R., Yamamoto H., Tomita M., Saito R.

    BMC Bioinformatics (BMC Bioinformatics)  23 ( 1 )  2022年12月

     概要を見る

    Background: Comprehensive metabolomic analyses have been conducted in various institutes and a large amount of metabolomic data are now publicly available. To help fully exploit such data and facilitate their interpretation, metabolomic data obtained from different facilities and different samples should be integrated and compared. However, large-scale integration of such data for biological discovery is challenging given that they are obtained from various types of sample at different facilities and by different measurement techniques, and the target metabolites and sensitivities to detect them also differ from study to study. Results: We developed iDMET, a network-based approach to integrate metabolomic data from different studies based on the differential metabolomic profiles between two groups, instead of the metabolite profiles themselves. As an application, we collected cancer metabolomic data from 27 previously published studies and integrated them using iDMET. A pair of metabolomic changes observed in the same disease from two studies were successfully connected in the network, and a new association between two drugs that may have similar effects on the metabolic reactions was discovered. Conclusions: We believe that iDMET is an efficient tool for integrating heterogeneous metabolomic data and discovering novel relationships between biological phenomena.

  • Urinary metabolome analyses of patients with acute kidney injury using capillary electrophoresis-mass spectrometry

    Saito R., Hirayama A., Akiba A., Kamei Y., Kato Y., Ikeda S., Kwan B., Pu M., Natarajan L., Shinjo H., Akiyama S., Tomita M., Soga T., Maruyama S.

    Metabolites (Metabolites)  11 ( 10 )  2021年10月

     概要を見る

    Acute kidney injury (AKI) is defined as a rapid decline in kidney function. The associated syndromes may lead to increased morbidity and mortality, but its early detection remains difficult. Using capillary electrophoresis time-of-flight mass spectrometry (CE-TOFMS), we analyzed the urinary metabolomic profile of patients admitted to the intensive care unit (ICU) after invasive surgery. Urine samples were collected at six time points: before surgery, at ICU admission and 6, 12, 24 and 48 h after. First, urine samples from 61 initial patients (non-AKI: 23, mild AKI: 24, severe AKI: 14) were measured, followed by the measurement of urine samples from 60 additional patients (non-AKI: 40, mild AKI: 20). Glycine and ethanolamine were decreased in patients with AKI compared with non-AKI patients at 6–24 h in the two groups. The linear statistical model constructed at each time point by machine learning achieved the best performance at 24 h (median AUC: 89%, cross-validated) for the 1st group. When cross-validated between the two groups, the AUC showed the best value of 70% at 12 h. These results identified metabolites and time points that show patterns specific to subjects who develop AKI, paving the way for the development of better biomarkers.

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KOARA(リポジトリ)収録論文等 【 表示 / 非表示

研究発表 【 表示 / 非表示

  • Multi-omics and Systems Analysis Reveal a Novel Role of MDM2 in Diabetic Nephropathy

    Saito R, Rocanin-Arjo A, You Y-H, Darshi M, Van Espen B, Miyamoto S, Pham J, Pu M, Romoli S, Natarajan L, Ju W, Kretzler M, Nelson R, Ono K, Thomasova D, Mulay SR, Ideker T, D'Agati, Beyret E, Izpisua Belmonte JC, Anders HJ, Sharma K

    ISN's Forefronts Symposium on the Metabolome and Microbiome in Kidney Disease, 

    2016年

    口頭発表(一般)

  • Computational Prediction and Experimental Analyses of Proteins That Bridge Metabolite Markers of Human Diabetic Nephropathy

    Saito R, Rocanin-Arjo A, You Y-H, Darshi M, Van Espen B, Pu M, Romoli S, Natarajan L, Ju W, Kretzler M, Nelson R, Ono K, Thomasova D, Mulay S, Belmonte JC, Anders HJ, Sharma K

    ASN Kidney Week 2015 Annual Meeting, 

    2015年

    口頭発表(一般)

  • A travel guide to Cytoscape plugins

    Saito R, Smoot ME, Ono K, Ruscheinski J, Wang P-L, Lotia S, Pico AR, Bader GD, Ideker T.

    Cytoscape Retreat, 

    2012年

    口頭発表(一般)

  • Comprehensive Analysis of Domain-Domain Interactions Using In Vitro Virus

    斎藤 輪太郎

    Genome Informatics Workshop 2007 (GIW2007) (Singapore) , 

    2007年

    口頭発表(一般)

  • IVV データを用いたモチーフ間相互作用ネットワークの構築と創薬への応用

    斎藤輪太郎, 宮本悦子, 柳川弘志, 冨田勝

    分子生物学会2006フォーラム シンポジウム Sp2K「ゲノムネットワーク解析に基づく新しい創薬,診断,治療戦略」 (名古屋) , 

    2006年

    口頭発表(一般)

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競争的研究費の研究課題 【 表示 / 非表示

  • 統合シースレスキャピラリー電気泳動-質量分析システムの開発

    2022年09月
    -
    2025年03月

    経済産業省, 成長型中小企業等研究開発支援事業 (Go-Tech事業), 補助金,  研究分担者

  • 腎臓病メタボロームの統合データ解析パイプラインの構築

    2022年04月
    -
    2025年03月

    文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 斎藤 輪太郎, 基盤研究(C), 補助金,  研究代表者

  • 仮想人体構築のための数理モデル化

    2020年
    -
    2022年

    文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 学術変革領域研究(B), 研究分担者

  • メタボロミクスとネットワーク生物学を用いた新規腎臓病関連遺伝子予測AIの開発

    2019年04月
    -
    2022年03月

    文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 齋藤 輪太郎, 基盤研究(C), 補助金,  研究代表者

  • 人々を軸にあらゆる情報をオープンに活用する基盤「PeOPLe」によるライフイノベーションの創出

    2018年
    -
    2022年

    国立研究開発法人科学技術振興機構, 産学共創プラットフォーム共同研究推進プログラム, 武林亨, 研究分担者

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知的財産権等 【 表示 / 非表示

  • タンパク質間相互作用の評価方法

    出願日: 2001-397762  2001年 

    特許権, 共同

 

担当授業科目 【 表示 / 非表示

  • ゲノム分子生物学2

    2023年度

  • ゲノム分子生物学1

    2023年度

  • ゲノム分子生物学2

    2022年度

  • ゲノム分子生物学1

    2022年度

  • ゲノム分子生物学2

    2021年度

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担当経験のある授業科目 【 表示 / 非表示

  • ゲノム分子生物学1

    慶應義塾

    2018年04月
    -
    2019年03月

    春学期

  • ゲノム分子生物学2

    慶應義塾

    2018年04月
    -
    2019年03月

    秋学期, 講義

  • 生命情報解析

    慶應義塾大学環境情報学部

    2010年04月
    -
    2011年03月

  • バイオインフォマティクスアルゴリズム

    慶應義塾大学政策・メディア研究科

    2010年04月
    -
    2011年03月

  • ゲノム解析プログラミング

    慶應義塾大学環境情報学部

    2010年04月
    -
    2011年03月

 

所属学協会 【 表示 / 非表示

  • 日本分子生物学会

     
  • 日本バイオインフォマティクス学会

     

委員歴 【 表示 / 非表示

  • 2018年

    生命医薬情報学連合大会プログラム委員, 日本バイオインフォマティクス学会

  • 2011年
    -
    2014年

    Collaboration consultant, Cytoscape instructor, National Resource for Network Biology / The San Diego Center for Systems Biology

  • 2010年

    Programme committee member, The International Conference on Bioinformatics (InCoB2010)

  • 2008年
    -
    2010年

    Programme committee member, Genome Informatics Workshop (GIW)