論文 - 舟橋　啓

Transcriptome analysis of the anhydrobiotic cell line Pv11 infers the mechanism of desiccation tolerance and recovery

Yamada T., Suetsugu Y., Deviatiiarov R., Gusev O., Cornette R., Nesmelov A., Hiroi N., Kikawada T., Funahashi A.

Scientific Reports （Scientific Reports）  8 （ 1 ） 17941 2018年12月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  2045-2322

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© 2018, The Author(s). The larvae of the African midge, Polypedilum vanderplanki, can enter an ametabolic state called anhydrobiosis to overcome fatal desiccation stress. The Pv11 cell line, derived from P. vanderplanki embryo, shows desiccation tolerance when treated with trehalose before desiccation and resumes proliferation after rehydration. However, the molecular mechanisms of this desiccation tolerance remain unknown. Here, we performed high-throughput CAGE-seq of mRNA and a differentially expressed gene analysis in trehalose-treated, desiccated, and rehydrated Pv11 cells, followed by gene ontology analysis of the identified differentially expressed genes. We detected differentially expressed genes after trehalose treatment involved in various stress responses, detoxification of harmful chemicals, and regulation of oxidoreduction that were upregulated. In the desiccation phase, L-isoaspartyl methyltransferase and heat shock proteins were upregulated and ribosomal proteins were downregulated. Analysis of differentially expressed genes during rehydration supported the notion that homologous recombination, nucleotide excision repair, and non-homologous recombination were involved in the recovery process. This study provides initial insights into the molecular mechanisms underlying the extreme desiccation tolerance of Pv11 cells.

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Convolutional neural network-based instance segmentation algorithm to acquire quantitative criteria of early mouse development

Y Tokuoka, TG Yamada, N Hiroi, TJ Kobayashi, K Yamagata, ...

BioRxiv, 324186 2018年06月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

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Quantitative analysis of sensitivity to a Wnt3a gradient in determination of the pole‐to‐pole axis of mitotic cells by using a microfluidic device

T Hiraiwa, Y Nakai, TG Yamada, R Tanimoto, H Kimura, Y Matsumoto, ...

FEBS open bio 8 (12), 1920-1935 2018年

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

Requirement of spatiotemporal resolution for imaging intracellular temperature distribution

Hiroi Noriko, Tanimoto Ryuichi, Ii Kaito, Ozeki Mitsunori, Mashimo Kota, Funahashi Akira

BIOMEDICAL IMAGING AND SENSING CONFERENCE 10251 2017年04月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  978-1-5106-1004-0

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Editorial: Quantitative Biology: Dynamics of Living Systems

舟橋 啓

FRONTIERS IN PHYSIOLOGY 7   196 2016年06月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  1664-042X

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システムバイオロジーにおけるシミュレーション技術と実装

舟橋 啓, 広井 賀子

日本薬理学雑誌 （日本薬理学会）  147 （ 2 ） 101 - 106 2016年02月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  0015-5691

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生命現象の理解には個別のコンポーネントについての理解に加え，それらの統合されたふるまいを知る必要がある．このような様々な分子のダイナミクスの背景にあるメカニズムを理解する上で強力なツールとなるのが数理モデルである．システムバイオロジーでは，数理モデルを用いて生命現象を司るメカニズムを理解する手法を頻用する．歴史的には解析的に解くことが可能なモデルが用いられたが，コンピュータの発達により，常微分方程式モデル，偏微分方程式モデル，確率モデル，これらのハイブリッドモデルなど多岐に渡る形式で記述されたモデルを数値計算によって解くようになった．こうした背景から，作成したモデルの正しい挙動を数値的に得るための，正確な数値計算技術が不可欠の要素となっている．本稿では，各モデル化手法の特徴を概説した後，システムバイオロジー研究において広く利用されている代表的なアプリケーション（シミュレータ）について，ソフトウェアの全体像から実装されているアルゴリズムまで，原典を挙げて解説する．数値計算手法の実装内容を正確に知ることは，ユーザにとってはモデルが備えるべき内容を理解し，結果を正しく解釈するために有用となる．また開発者にとっては，不必要な重複を避け，新しいブレークスルーを実現するための技術が何であるか，自らの創造性の発端を得るためにより重要な知識となるだろう．

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3D蛍光顕微鏡画像からの哺乳類着床前胚の発生動態の再構成 (医用画像)

小林 徹也, 尾関 光徳, 山縣 一夫, 舟橋 啓

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 （一般社団法人電子情報通信学会）  114 （ 482 ） 1 - 6 2015年03月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  0913-5685

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哺乳類着床前胚の発生過程に関する情報を経時的な顕微鏡観察画像から得ることは,近年基礎生物学のみならず生殖補助医療などでも重要な課題となっている.本研究では,細胞の移動・増殖などで形成される細胞系譜の情報をバイオイメージングデータから画像解析を用いて抽出する研究について概説し,整数計画法を用いたマウス着床前胚の発生細胞系譜の追跡についての我々の結果を報告する.

A proteomic study of mitotic phase-specific interactors of EB1 reveals a role for SXIP-mediated protein interactions in anaphase onset

Tamura Naoka, Simon Judith E., Nayak Arnab, Shenoy Rajesh, Hiroi Noriko, Boilot Viviane, Funahashi Akira, Draviam Viji M.

BIOLOGY OPEN 4 （ 2 ） 155 - 169 2015年02月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  2046-6390

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定量的生命科学のためのバイオ画像解析とその哺乳類発生動態への応用

小林 徹也, バシャール カイルル, 舟橋 啓, 藤森 俊彦, 山縣 一夫

Ｍｅｄｉｃａｌ　Ｉｍａｇｉｎｇ　Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ （日本医用画像工学会）  33 （ 3 ） 84 - 89 2015年

共著, 査読有り,  ISSN  0288450X

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バイオイメージング技術の発展と普及とともに，顕微鏡イメージから生命システムの動態に関する情報を定量的に取得する方法としてバイオ画像解析技術は大きく注目されている．本稿では，イメージングデータへの画像解析の応用事例について概説するとともに，哺乳類着床前胚の発生動態と細胞系譜の再構成を目的とするわれわれの研究の進展について紹介する．

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• CiNii Research

増大特集 生命動態システム科学 Ⅰ.定量生物学 1.分子・細胞の計測 1)基本技術 (2)生命現象のシステムレベルでの理解に向けた基盤技術開発

舟橋 啓

生体の科学 （株式会社医学書院）  65 （ 5 ） 388 - 389 2014年10月

共著, 査読有り,  ISSN  03709531

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• CiNii Research

FABRICATION METHOD TO A HIGH RESOLUTION CONTROL IN THE SPACE OF CELL CULTURING ENVIRONMENT WITH MICROFLUIDIC SYSTEM

Hiraiwa Takumi, Kimura Tadamasa, Takenaka Yuma, Tanamoto Ryo, Ota Hiroki, Kimura Hiroshi, Taguchi Yoshihiro, Miki Norihisa, Matsumoto Yoshinori, Oka Kotaro, Funahashi Akira, Hiroi Noriko

2014 IEEE 27TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON MICRO ELECTRO MECHANICAL SYSTEMS (MEMS)    264 - 267 2014年01月

研究論文（国際会議プロシーディングス）, 共著, 査読有り

Modeling and Simulation Using CellDesigner

Matsuoka Yukiko, Funahashi Akira, Ghosh Samik, Kitano Hiroaki

TRANSCRIPTION FACTOR REGULATORY NETWORKS: METHODS AND PROTOCOLS 1164   121 - 145 2014年

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  1064-3745

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<p>In silico modeling and simulation are effective means to understand how the regulatory systems function in life. In this chapter, we explain how to build a model and run the simulation using CellDesigner, adopting the standards such as SBML and SBGN. </p>

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Assessing uncertainty in model parameters based on sparse and noisy experimental data

Hiroi Noriko, Swat Maciej, Funahashi Akira

FRONTIERS IN PHYSIOLOGY （Frontiers Media SA）  5   128 2014年

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  1664-042X

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Automated tracking of mitotic spindle pole positions shows that LGN is required for spindle rotation but not orientation maintenance

Corrigan Adam M., Shrestha Roshan L., Zulkipli Ihsan, Hiroi Noriko, Liu Yingjun, Tamura Naoka, Yang Bing, Patel Jessica, Funahashi Akira, Donald Athene, Draviam Viji M.

CELL CYCLE 12 （ 16 ） 2643 - 2655 2013年08月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  1538-4101

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in vivo oriented modeling with consideration of intracellular crowding

Hiroi Noriko, Iba Keisuke, Tabira Akito, Okuhara Takahiro, Kubojima Takeshi, Hiraiwa Takumi, Kobayashi Tetsuya J., Oka Kotaro, Funahashi Akira

2013 35TH ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE IEEE ENGINEERING IN MEDICINE AND BIOLOGY SOCIETY (EMBC) 2013   2716 - 2719 2013年07月

研究論文（国際会議プロシーディングス）, 共著, 査読有り,  ISSN  1557-170X

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The systems biology simulation core algorithm

Keller Roland, Doerr Alexander, Tabira Akito, Funahashi Akira, Ziller Michael J., Adams Richard, Rodriguez Nicolas, Le Novere Nicolas, Hiroi Noriko, Planatscher Hannes, Zell Andreas, Draeger Andreas

BMC SYSTEMS BIOLOGY 7   2643 - 2655 2013年07月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  1752-0509

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LibSBMLSim: a reference implementation of fully functional SBML simulator

Takizawa Hiromu, Nakamura Kazushige, Tabira Akito, Chikahara Yoichi, Matsui Tatsuhiro, Hiroi Noriko, Funahashi Akira

BIOINFORMATICS 29 （ 11 ） 1474 - 1476 2013年06月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  1367-4803

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Meeting report of the International Workshop on Quantitative Biology 2012: mesoscopic and microscopic worlds meet.

Draviam VM, Funahashi A, Hiroi N, Kimura A, Kobayashi TJ

Frontiers in physiology （Frontiers Media SA）  3   479 2013年01月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

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Mathematical Modeling of Sustainable Synaptogenesis by Repetitive Stimuli Suggests Signaling Mechanisms In Vivo

瀧沢 大夢, 広井 賀子, 舟橋 啓

PLOS ONE 7 （ 12 ） e51000 2012年12月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  1932-6203

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Software support for SBGN maps: SBGN-ML and LibSBGN

van Iersel Martijn P., Villeger Alice C., Czauderna Tobias, Boyd Sarah E., Bergmann Frank T., Luna Augustin, Demir Emek, Sorokin Anatoly, Dogrusoz Ugur, Matsuoka Yukiko, Funahashi Akira, Aladjem Mirit I., Mi Huaiyu, Moodie Stuart L., Kitano Hiroaki, Le Novere Nicolas, Schreiber Falk

BIOINFORMATICS 28 （ 15 ） 2016 - 2021 2012年08月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  1367-4803

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