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所属(所属キャンパス)
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理工学部 生命情報学科 (矢上)
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職名
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准教授
舟橋 啓 (フナハシ アキラ)
Funahashi, Akira
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本研究室では生命現象に関する疑問から理論モデルを構築、シミュレーションによる予測、実験による定量的検証、というボトムアップアプローチで生命現象のシステムレベルでの理解を目指しています。また、シミュレーション、データ解析、理論構築に必要となる技術基盤の開発も行っています。
日本学術振興会特別研究員(DC1)
三重大学工学部情報工学科助手
科学技術振興機構ERATO-SORST北野共生システムプロジェクト 研究員
早稲田大学大学院理工学研究科電気・情報生命専攻非常勤講師
システムバイオロジー研究機構 研究員
慶應義塾, 理工学研究科, 計算機科学専攻
大学院, 修了, 博士
慶應義塾, 理工学研究科, 計算機科学専攻
大学院, 修了, 修士
慶應義塾, 理工学部, 電気工学科
大学, 卒業
荒金 直人, 堀田 耕司, 坂内健一,鳥海 崇, 山尾 佐智子, 舟橋 啓, 林 良信, 河野 礼子, 大宮 勘一郎, 黒沢 文貴, 田上 雅徳, 斎藤 慶典, 慶應義塾大学出版会, 2019年05月, ページ数: 240
担当範囲: 生命現象を組織として理解する
秋山 泰, 中井 謙太, 冨田 勝, 向井 有理, 長崎 英樹, 中村 保一, 池田 修己, 向井 友花, 越中谷 賢治, 飯田 泰広, 濱田 康太, 榊原 康文, 舟橋 啓, 鎌田 真由美, 小森 隆, 佐藤 健吾, 浜田 道昭, 内山 郁夫, 阿部 貴志, 野口 英樹, 白井 剛, 土方 敦司, 諏訪 牧子, 有田 正規, 後藤 修, 櫻井 望, 慶應義塾大学出版会, 2015年08月, ページ数: 176
担当範囲: 第2章 計算科学
Modeling and Simulation Using CellDesigner
MATSUOKA Yukiko, FUNAHASHI Akira, GHOSH Samik, KITANO Hiroaki, Springer, 2014年06月
担当範囲: 121-145
Introduction to Systems Biology
Shapiro, B., Finney, A., Hucka, M., Bornstein, B., Funahashi, A., Jouraku, A., Keating, S., Novere, N., Matthews, J., and Schilstra, M., Humana Press, 2007年07月
担当範囲: 395-421
The Systems Biology Graphical Notation
舟橋 啓
NATURE BIOTECHNOLOGY 27 ( 8 ) 735-741 - 741 2009年08月
研究論文(学術雑誌), 共著, 査読有り, ISSN 1087-0156
Using process diagrams for the graphical representation of biological networks.
Kitano, H., Funahashi, A., Matsuoka, Y., and Oda, K.
Nature Biotechnology 23 ( 8 ) 961-966 2005年08月
研究論文(学術雑誌), 共著, 査読有り
A comprehensive pathway map of epidermal growth factor receptor signaling
Oda Kanae, Matsuoka Yukiko, Funahashi Akira, Kitano Hiroaki
MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY 1 ( 1 ) 1-17 2005年05月
研究論文(学術雑誌), 共著, 査読有り, ISSN 1744-4292
The principles of whole-cell modeling
Karr Jonathan R., Takahashi Koichi, Funahashi Akira
CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY 27 18 - 24 2015年10月
研究論文(学術雑誌), 共著, 査読有り, ISSN 1369-5274
Acceleration of discrete stochastic biochemical simulation using GPGPU
Sumiyoshi Kei, Hirata Kazuki, Hiroi Noriko, Funahashi Akira
FRONTIERS IN PHYSIOLOGY 6 155 - 169 2015年02月
研究論文(学術雑誌), 共著, 査読有り, ISSN 1664-042X
Ostaszewski M., Mazein A., Gillespie M.E., Kuperstein I., Niarakis A., Hermjakob H., Pico A.R., Willighagen E.L., Evelo C.T., Hasenauer J., Schreiber F., Dräger A., Demir E., Wolkenhauer O., Furlong L.I., Barillot E., Dopazo J., Orta-Resendiz A., Messina F., Valencia A., Funahashi A., Kitano H., Auffray C., Balling R., Schneider R.
Scientific Data (Scientific Data) 7 ( 1 ) 2020年12月
研究論文, 共著
電気式焦点可変レンズによる三次元計測システムの構築
舟橋 啓, 仲井 祐一郎, 広井 賀子
実験医学 ((株)羊土社) 37 ( 18 ) 3116 - 3120 2019年10月
総説・解説(学術雑誌), 共著, ISSN 0288-5514
【病理形態学の新技術】画像解析と深層学習を用いた診断の基礎
舟橋 啓, 徳岡 雄大, 大岡 麻耶, 西本 勝利, 山田 貴大, 広井 賀子
病理と臨床 ((株)文光堂) 37 ( 7 ) 631 - 635 2019年07月
総説・解説(学術雑誌), 共著, ISSN 0287-3745
ネムリユスリカの培養細胞の乾燥耐性に迫る
山田 貴大, 舟橋 啓, 黄川田 隆洋
バイオサイエンスとインダストリー(B&I) ((一般財団法人)バイオインダストリー協会(JBA)) 77 ( 4 ) 2019年07月
総説・解説(学術雑誌)
舟橋 啓, 広井 賀子
日本薬理学雑誌 ((公社)日本薬理学会) 147 ( 2 ) 101 - 106 2016年02月
総説・解説(学術雑誌), 共著, ISSN 0015-5691
腫瘍内不均一性を考慮した予後の予測に向けた深層学習ベースの組織画像解析
舟橋 啓
群馬大学数理データ科学教育研究センター主催第1回レギュラトリー サイエンスセミナー (群馬県) , 2019年09月, 口頭(招待・特別)
機械学習による画像分類
舟橋 啓, 徳岡 雄大
AIによる生物画像解析トレーニングコース (熊本県) , 2019年08月, 口頭(招待・特別)
Inference of transcriptional regulatory network driven by desiccation and rehydration in Polypedilum vanderplanki
比企 佑介, 山田 貴大, Kozlova, O., Cornette, R., Gusev, O., 黄川田 隆洋, 舟橋 啓
Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2019 (Moscow, Russia) , 2019年07月, 口頭(招待・特別)
Mathematical Modeling with CellDesigner.
FUNAHASHI Akira
Computational and Mathematical Biology Course, Okinawa Institute of Science and Technology (沖縄県) , 2019年07月, 口頭(招待・特別)
CellDesigner: A modeling tool for biochemical networks
舟橋 啓
COMBINE 2019 (Heidelberg, Germany) , 2019年07月, 口頭(招待・特別)
深層学習を用いた細胞追跡アルゴリズムの開発
慶應義塾大学, 舟橋 啓, 基盤研究(B)
深層学習を用いたヒトES,iPS細胞由来心筋細胞の分化、成熟度評価法の開発
慶應義塾大学, 藤田 淳, 舟橋 啓, 挑戦的研究(萌芽)
力学刺激の知能化によるin vitro3次元組織の超効率的成熟化
慶應義塾大学, 尾上 弘晃, 倉科 佑太, 舟橋 啓, 山田 貴大, 三浦 重徳, 藤田 淳, 遠山 周吾, 基盤研究(A)
教師なし特徴学習による高精度多細胞種セグメンテーションアルゴリズムの開発
文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 舟橋 啓, 新学術領域研究(研究領域提案型), 補助金, 代表
ゲノム構造変化にともなう乾燥無代謝休眠特異的な遺伝子制御ネットワークの全容解明
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 黄川田 隆洋, 舟橋 啓, 基盤研究(A)
システムバイオロジー特論
2020年度
生命情報特別講義第1
2020年度
システムバイオロジー
2020年度
生命情報輪講
2020年度
生命現象の分子科学
2020年度
生命情報実験D
慶應義塾, 2017年度, 秋学期, 専門科目, 実習・実験
生命情報実験C
慶應義塾, 2017年度, 秋学期, 専門科目, 実習・実験
基礎生命実験
慶應義塾, 2017年度, 秋学期, 専門科目, 実習・実験, 40人
生命情報特別講義第1
慶應義塾, 2017年度, 秋学期, 専門科目, 講義
先端創薬科学
慶應義塾, 2017年度, 秋学期, 専門科目, 講義, 40人
Google Summer of Code Mentors, Google Summer of Code 2020
Google Summer of Code Mentors, Google Summer of Code 2019
JST未来事業「共通基盤」領域 専門アドバイザー, 科学技術振興機構
International Conference on Systems Biology (ICSB) 2018 査読委員, International Conference on Systems Biology (ICSB)
Google Summer of Code Mentors, Google Summer of Code 2017