佐藤 健吾 (サトウ ケンゴ)

Sato, Kengo

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所属(所属キャンパス)

理工学部 生命情報学科 (矢上)

職名

専任講師

外部リンク

経歴 【 表示 / 非表示

  • 2003年04月
    -
    2006年03月

    大学助手(有期)(理工学部生命情報学科)

  • 2006年04月
    -
    2009年10月

    バイオ産業情報化コンソーシアム研究員

  • 2006年04月
    -
    2015年03月

    産業技術総合研究所生命情報工学研究センター協力研究員

  • 2009年11月
    -
    2011年03月

    東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻特任講師

  • 2011年04月
    -
    2014年03月

    大学専任講師(有期)(理工学部生命情報学科)

学歴 【 表示 / 非表示

  • 1991年04月
    -
    1995年03月

    慶應義塾, 理工学部, 数理科学科

    大学, 卒業

  • 1995年04月
    -
    1997年03月

    慶應義塾, 理工学研究科, 計算機科学専攻

    大学院, 修了, 修士

  • 1997年04月
    -
    2003年03月

    慶應義塾, 理工学研究科, 開放環境科学専攻

    大学院, 修了, 博士

学位 【 表示 / 非表示

  • 博士(工学), 慶應義塾, 課程, 2003年03月

 

研究分野 【 表示 / 非表示

  • 知能情報学 (Intelligent Informatics)

  • 生命・健康・医療情報学

  • システムゲノム科学

研究キーワード 【 表示 / 非表示

  • データマイニング

  • バイオインフォマティクス

  • 機械学習

  • 計算生物学

 

著書 【 表示 / 非表示

  • バイオインフォマティクス入門

    佐藤 健吾, 慶應義塾大学出版会, 2015年08月

    担当範囲: 第2章

  • Readings in Japanese Natural Language Processing

    Nobesawa, H.S., Sano, T., Sato, K., Saito, H., CSLI Publications, 2015年

    担当範囲: Domain-specific statistical data for morphological analysis

  • Algorithmic Bioprocesses

    Sakakibara, Y., Sato, K., Springer, 2009年08月

    担当範囲: Sequence and Structural Analyses for Functional non-coding RNAs

  • 実験医学増刊「生命科学の最先端に役立つバイオデータベースとウェブツール総集編」

    佐藤健吾, 榊原康文, 羊土社, 2008年08月

    担当範囲: 二次構造に基づく機能性RNAの配列解析

  • Grammatical Inference: Algorithms and Applications, Lecture Notes in Computer Science

    Yasubumi Sakakibara; Satoshi Kobayashi; Kengo Sato; Tetsuro Nishino; Etsuji Tomita, Springer, 2006年

論文 【 表示 / 非表示

  • A max-margin training of RNA secondary structure prediction integrated with the thermodynamic model

    Akiyama, M., Sato, K., Sakakibara, Y.

    Journal of Bioinformatics and Computational Biology 2018年

    研究論文(学術雑誌), 共著, 査読有り

  • Convolutional neural network based on SMILES representation of compounds for detecting chemical motif

    Hirohara, M., Saito, Y., Koda, Y., Sato, K., Sakakibara, Y.

    BMC Bioinformatics 2018年

    研究論文(学術雑誌), 共著, 査読有り

  • 医師国家試験自動解答プログラムの治療薬問題への拡張

    水口達矢, 伊藤詩乃, 佐藤健吾, 榊原康文

    人工知能学会論文誌 2018年

    研究論文(学術雑誌), 共著, 査読有り

  • DEclust: A statistical approach for obtaining differential expression profiles of multiple conditions

    Aoto, Yoshimasa, Hachiya, Tsuyoshi, Okumura, Kazuhiro, Hase, Sumitaka, Sato, Kengo, Wakabayashi, Yuichi, Sakakibara, Yasubumi

    PLOS ONE 12 ( 11 )  2017年11月

    研究論文(学術雑誌), 共著,  ISSN  1932-6203

  • An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA-RNA interactions from sequence data

    Kato, Yuki, Mori, Tomoya, Sato, Kengo, Maegawa, Shingo, Hosokawa, Hiroshi, Akutsu, Tatsuya

    BIOINFORMATICS 33 ( 2 ) 202 - 209 2017年01月

    研究論文(学術雑誌), 共著, 査読有り,  ISSN  1367-4803

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KOARA(リポジトリ)収録論文等 【 表示 / 非表示

総説・解説等 【 表示 / 非表示

  • 機能性RNAの配列解析と構造解析

    榊原康文,佐藤健吾

    人工知能学会誌 22 ( 1 ) 54 - 62 2007年01月

    総説・解説(学術雑誌), 共著

研究発表 【 表示 / 非表示

  • 深層学習に基づく RNA グアニン4重鎖構造識別法の検討

    加藤有己, 佐藤健吾, Jakob Hull Havgaard, 河原行郎

    第20回日本RNA学会年会, 2018年07月, ポスター(一般)

  • RNA secondary structure prediction using deep learning

    Akiyama, M., Sakakibara, Y., Sato, K.

    第6回生命医薬情報学連合大会,日本バイオインフォマティクス学会2017年年会, 2017年09月, ポスター(一般)

  • がん細胞株における derived RNA のプロファイル解析

    青木言太,土谷麻里子,小坂威雄,長谷純崇,佐藤健吾,水野隆一,大家基嗣,榊原康文

    第19回日本RNA学会年会, 2017年07月, 口頭(一般)

  • 深層学習によるRNA二次構造予測

    秋山真那斗,榊原康文,佐藤健吾

    第19回日本RNA学会年会, 2017年07月, ポスター(一般)

  • 医師国家試験自動解答プログラムの治療薬問題への拡張

    水口達矢,伊藤詩乃,佐藤健吾,榊原康文

    第31回人工知能学会全国大会, 2017年05月, 口頭(一般)

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競争的資金等の研究課題 【 表示 / 非表示

  • GenomeGAN: 敵対的生成ネットワークによるインシリコゲノム合成

    2019年06月
    -
    2021年03月

    文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 佐藤 健吾, 挑戦的研究(萌芽), 補助金,  代表

  • ナノポアシークエンサーを用いたRNA二次構造決定法の開発

    2019年04月
    -
    2022年03月

    文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 佐藤 健吾, 基盤研究(B), 補助金,  代表

  • 次世代シークエンシングデータを利用した機械学習によるRNA二次構造予測の高精度化

    2016年04月
    -
    2019年03月

    文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 佐藤 健吾, 基盤研究(C), 補助金,  代表

受賞 【 表示 / 非表示

  • ポスター賞

    Akiyama, M., Sakakibara, Y., Sato, K., 2017年09月, 日本バイオインフォマティクス学会, RNA secondary structure prediction using deep learning

    受賞区分: 国内学会・会議・シンポジウム等の賞

  • 研究奨励賞

    Akiyama, M., Sakakibara, Y., Sato, K., 2016年10月, 日本バイオインフォマティクス学会, Improving RNA secondary structure prediction with weak label learning from NGS data

    受賞区分: 国内学会・会議・シンポジウム等の賞

  • 情報処理学会山下記念研究賞

    佐藤 健吾, 2013年03月, 情報処理学会, 双対分解によるRNA構造アラインメント

    受賞区分: 国内学会・会議・シンポジウム等の賞

  • Oxford University Press JSBi Prize

    佐藤 健吾, 2008年12月, 日本バイオインフォマティクス学会, A non-parametric Bayesian approach for predicting RNA secondary structures

    受賞区分: 国内学会・会議・シンポジウム等の賞

 

担当授業科目 【 表示 / 非表示

  • 生命情報総合演習第1

    2019年度

  • バイオプログラミング第2

    2019年度

  • バイオプログラミング第1

    2019年度

  • バイオインフォマティクス

    2019年度

  • 基礎生命実験

    2019年度

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所属学協会 【 表示 / 非表示

  • 日本マーモセット研究会, 

    2013年10月
    -
    継続中
  • 日本RNA学会, 

    2011年
    -
    継続中
  • 分子生物学会, 

    2008年
    -
    継続中
  • 情報処理学会バイオ情報学研究会, 

    2006年04月
    -
    継続中
  • International Society for Computational Biology, 

    2005年
    -
    継続中

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委員歴 【 表示 / 非表示

  • 2018年04月
    -
    継続中

    運営委員, 情報処理学会バイオ情報学研究会

  • 2018年04月
    -
    2018年12月

    Program Committee Co-Chair, International Conference on Genome Informatics (GIW) 2018

  • 2017年04月
    -
    継続中

    編集委員, IPSJ Transactions on Bioinformatics

  • 2016年10月
    -
    2018年01月

    Local Organizing Committee Co-Chair, Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC) 2018

  • 2016年01月
    -
    2016年10月

    2016年度生命医薬情報学連合大会実行委員, 日本バイオインフォマティクス学会

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