-
所属(所属キャンパス)
-
理工学部 生命情報学科 (矢上)
-
職名
-
教授
榊原 康文 (サカキバラ ヤスブミ)
Sakakibara, Yasubumi
|
(株)富士通研究所情報社会科学研究所 ,研究員
兼 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校 ,客員研究員
東京電機大学理工学部情報科学科 ,助教授
東京電機大学理工学部情報科学科 ,教授
慶應義塾大学大学院理工学研究科基礎理工学専攻 ,助教授
東京工業大学, 理学部, 情報科学科
大学, 卒業
東京工業大学, 理工学研究科, 情報科学専攻
大学院, 修了, 修士
情報数理シリーズ「計算論的学習」
榊原康文,小林聡,横森貴, 培風館, 2001年10月
DNAコンピューティング
Paun, Rozenberg, Salomaa 著,横森貴, 榊原康文, 小林聡 訳, シュプリンガー・フェアラーク東京, 1999年12月
新版 情報処理ハンドブック
情報処理学会偏,13編6章の「学習」に関する節を分担執筆, オーム社, 1995年11月
Akiyama M., Sakakibara Y.
NAR Genomics and Bioinformatics (NAR Genomics and Bioinformatics) 4 ( 1 ) 2022年03月
Watanabe N., Ohnuki Y., Sakakibara Y.
Journal of Cheminformatics (Journal of Cheminformatics) 13 ( 1 ) 2021年12月
Genomic style: yet another deep-learning approach to characterize bacterial genome sequences
Yoshimura Y, Hamada A, Augey Y, Akiyama M, Sakakibara Y.
Bioinformatics Advances (Oxford University Press) 1 ( 1 ) vbab039 2021年12月
最終著者, 責任著者, 査読有り
RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration
Sato K., Akiyama M., Sakakibara Y.
Nature Communications (Nature Communications) 12 ( 1 ) 2021年12月
A max-margin model for predicting residue—base contacts in protein–rna interactions
Kashiwagi S., Sato K., Sakakibara Y.
Life (Life) 11 ( 11 ) 2021年11月
Guest Editorial for the 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference
Yamanishi Y., Sakakibara Y., Chen Y.
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics) 16 ( 1 ) 2019年01月
ISSN 15455963
MetaVelvet : An extension of Velvet assembler to de novo metagenome assembly from short sequence reads
榊原 康文
ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine 2011 (Chicago, USA) ,
口頭発表(一般)
Comprehensive analysis of small non-coding RNAs in medaka transcriptome by deep RNA-seq approach
榊原 康文
RNA 2011 Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society (Kyoto, Japan) ,
口頭発表(一般)
Genome-wide detections of non-coding RNAs on Ciona intestinalis genome: from in silico search of snoRNA to full-length sequencing and expression analysis
Kawarama, J., Hase, S., Hachiya, T., Hotta, K., Sakakibara, Y.
5th International Tunicate Meeting (Okinawa, Japan) ,
口頭発表(一般)
Discriminative Detection of Cis-acting Regulatory Variation from Location Data
Yuji Kawada, Yasubumi Sakakibara
The 4th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC2006), Taiwan (Taiwan) ,
口頭発表(一般)
Intensive in vitro experiments of implementing and executing finite automata in test tube
Junna Kuramochi and Yasubumi Sakakibara
The 11th International Meeting on DNA Based Computers (DNA11), London, Ontario (London, Ontario) ,
口頭発表(一般)
深層学習を用いたゲノムスタイル特徴抽出とDNA配列de novo設計と合成
科学技術振興機構, 戦略的創造研究推進事業・CREST, 受託研究, 研究代表者
非コードRNA遺伝子をゲノムワイドに発見する汎用システム
文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 榊原 康文, 基盤研究(A), 補助金, 研究代表者
人工知能を用いた化学コミュニケーション空間の多様性と共通性の解明
文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 榊原 康文, 新学術領域研究(研究領域提案型), 補助金, 研究代表者
ビッグデータ駆動型創薬システム研究拠点
戦略的研究基盤形成支援事業, 榊原康文, 研究代表者
発がんゲノムにおける非コードRNAの網羅的機能解析
科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会), 榊原康文, 研究代表者
核酸分子を用いた新規な情報解析方法およびそれを用いた核酸の解析方法
出願日: 特願2000-382449 2000年12月
特許権
Data Sorting,Data Sorting Tree Creating,Derivative
発行日: United State Patent,No.5787426 1998年07月
特許権
システムバイオロジー特論
2023年度
生命システム情報特別講義A
2023年度
生命情報特別講義第1
2023年度
生命情報輪講
2023年度
ポストゲノム生命科学方法論
2023年度
バイオインフォマティクス
慶應義塾
春学期, 講義, 兼担, 50人
基礎生命実験
慶應義塾
秋学期, 実習・実験, 兼任, 50人
システムバイオロジー特論
慶應義塾
秋学期, 講義, 兼任, 50人
バイオプログラミング第2
慶應義塾
秋学期, 講義, 兼担, 50人
アルゴリズムと情報処理
慶應義塾
秋学期, 講義, 専任, 50人
第8回 新しい RNA/RNP を見つける会
6th International Workshop on Algorithmic Learning
(財)新世代コンピュータ技術開発機構 蛋白質立体構造予測タスクグループ
2nd,3rd,4th,5th,6th International Colloquium on Gr
5th,7th,8th,9th,11th International Workshop on Alg
16th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming,
ゲノムインフォマティクス国際会議,
人工知能学会 人工知能基礎論研究会,
情報処理学会 論文誌編集委員会,
第44回情報処理学会全国大会 チュートリアルセッション 機械学習入門,
プログラム委員長, 16th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
大会委員長, ゲノムインフォマティクス国際会議
委員長, 第8回 新しい RNA/RNP を見つける会
幹事, 人工知能学会 人工知能基礎論研究会
委員, 情報処理学会 論文誌編集委員会