Papers - Nakasako, Masayoshi

蛋白質の水和構造

中迫雅由

日本結晶学会誌 Vol. 40   107-113 1998

Research paper (scientific journal), Single Work

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蛋白質結晶の極低温Ｘ線回折実験で、蛋白質の水和構造を精度よく観測できることを明らかにし、様々な蛋白質の水和構造に共通する構造的特徴を概説した。

Cryogenic X-ray crystal structure analysisfor the complex of scytalone dehydratase of a rice blast fungus and its tight-binding inhibitor, carpropamid: The structural basis of tight-binding inhibition

M. Nakasako, T. Motoyama, Y. Kurahashi and I. Yamaguchi

Biochemistry Vol. 37   9931-9939 1998

Research paper (scientific journal), Joint Work, Accepted

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イネいもち病菌の感染においては、メラニン生合成系で合成されるカビ・メラニンが重要な役割を果たしている。本研究では、メラニン生合成系のシタロン脱水酵素と同酵素を不活化する強結合型阻害剤カルプロパミドの複合体について極低温Ｘ線結晶構造解析を行った。高分解能で得られた電子密度図を元に作成された立体構造モデルに基づいて、同酵素と阻害剤の結合様式の詳細を明らかにするとともに、強結合型阻害の立体化学的なメカニズムを考察した。また、酵素のＣ末端領域の基質結合における動的な役割について議論した。

Novel non-heme iron center of nitrile hydratase with a claw setting of oxygen atoms

S. Nagashima, M. Nakasako, N. Dohmae, M. Tsujimura, K. Takio, M. Odaka, M. Yohda, N. Kamiya and I. Endo

Nature Structural Biology Vol. 5   347-351 1998

Research paper (scientific journal), Joint Work, Accepted

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重原子多重同型法を用いたＸ線結晶構造解析により、ロドコッカスの光応答性酵素鉄型ニトリルヒドラターゼの結晶構造を1.7オングストローム分解能で明らかにした。同酵素は２つのサブユニットが複雑に絡み合った立体構造を有し、サブユニット界面に活性中心が存在した。活性中心の鉄原子は、立爪型に配置した酵素の窒素および硫黄原子に配位していた。論文では、その構造の立体化学的詳細を報告するとともに、生物体内での一酸化窒素結合蛋白質の活性中心の構造について議論した。

Molecular action mechanism of nonfungicidal anti-blast chemicals

I. Yamaguchi, T. Motoyama and M. Nakasako

Reviews in Toxicology Vol. 2   225-230 1998

Research paper (scientific journal), Joint Work, Accepted

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イネいもち病菌が産生するシタロン脱水酵素について、阻害剤カルプロパミドが強結合型阻害を示すことを生化学実験から明らかにし、さらに酵素と阻害剤複合体の極低温Ｘ線結晶構造解析によってそれらの結合様式を明らかにした。

低温でのタンパク質Ｘ線結晶構造解析

中迫雅由

バイオサイエンスとインダストリー Vol. 56   23-26 1998

Single Work

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蛋白質結晶構造解析における極低温Ｘ線回折実験手法について概観するとともに、同実験によって得られる蛋白質の熱振動や水和構造について要約した。

低温蛋白質結晶解析でのCryostream Coolerの利用

中迫雅由

マックサイエンス技報 vol.9, 25-33. Vol. 9   25-33 1997

Research paper (other academic), Single Work

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極低温Ｘ線回折実験で使用される低温窒素ガス吹き付け装置を紹介し、その操作方法とトラブルシューティングについて平易に解説した

光応答性ニトリルヒドラターゼ

遠藤勲、尾高雅文、野口巧、星野幹雄、中迫雅由

蛋白質・核酸・酵素 Vol. 42   136-143 1997

Joint Work

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バクテリア、ロドコッカスで産生される光応答性酵素鉄型ニトリルヒドラターゼの生化学的、分光学的研究の現状について最近の発展をまとめている。

蛋白質のＸ線結晶構造解析

中迫雅由

食品機械装置 Vol. 33   86-96 1996

Single Work

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蛋白質のＸ線結晶構造解析法全般について平易に説明し、最近開発された極低温Ｘ線回折実験手法を用いた蛋白質の水和構造解析についても報告を行った。

Cryocrystallography of 3-isopropylmalate dehydrogenase from Thurmus thermophilus and its chimeric enzyme

C. Nagata, H. Moriyama, N. Tanaka, M. Nakasako, M. Yamamoto, T. Ueki and T. Oshima

Acta Crystallographica Sect. D Vol. 52   623-630 1996

Research paper (scientific journal), Joint Work, Accepted

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極低温Ｘ線回折実験を高度好熱菌のイソプロピルリンゴ酸脱水素酵素結晶に適応した。野生型、および常温菌酵素とのキメラ酵素について、１００および１５０Ｋでの回折実験データを元に構造精密化を施し、高度好熱菌酵素の低温下での熱振動様態を議論した。

低温下での蛋白質Ｘ線結晶構造解析２

中迫雅由

The Journal of TARA Sakabe Project Vol. 2   87-97 1996

Research paper (scientific journal), Single Work

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極低温蛋白質結晶Ｘ線回折実験手法の中で、蛋白質結晶の抗凍結処理、急速冷却用結晶マウント具と冷却媒体、結晶の急速冷却方法、冷却した結晶の保存方法について詳細な報告を行った。また、予備的な低温Ｘ線回折実験の結果についても記載した。

低温下での蛋白質Ｘ線結晶構造解析３

中迫雅由

The Journal of TARA Sakabe Project Vol. 2   114-121 1996

Single Work

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極低温蛋白質結晶Ｘ線回折実験手法の応用例について詳細な報告を行った。放射線損傷が激しい光応答性ニトリルヒドラターゼ六方晶結晶については、分解能の驚異的な改善が認められた。トリプシンの水和構造解析への応用、低温下での温度因子の変化などについても解析結果を概説した。

蛋白質結晶の液体窒素温度への冷却方法

中迫雅由

生物物理 Vol. 36   110-111 1996

Single Work

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極低温Ｘ線回折実験に不可欠な結晶マウント具の開発についてその概要を報告した。本論文では、キャピラリーを用いたマウント具の作成方法、蛋白質結晶の冷却法について論述した。

A crystal mouting device made from a capillary tube for cryogenic macromolecular crystallography

M. Nakasako, T. Ueki, C. Toyoshima and Y. Umeda

Journal of Applied Crystallography Vol. 28   856-857 1995

Research paper (scientific journal), Joint Work, Accepted

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極低温Ｘ線回折実験に不可欠な結晶マウント具の開発について報告した。本論文では、キャピラリーを用いたマウント具の作成方法について記述するとともに、マウント具を用いた低温Ｘ線回折実験の結果について報告を行った。

Conceptual design of Spring-8 contract beam line for structural biology

M. Yamamoto, T. Fujisawa, M. Nakasako, T. Tanaka, T. Uruga, H. Kimura, H. Yamaoka, Y. Inoue, H. Iwasaki, T. Ishikawa, H. Kitamura and T. Ueki

Review of Scientific Instruments Vol. 66   1833-1835 1995

Research paper (scientific journal), Joint Work, Accepted

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SPring-8に設置される理化学研究所専用ビームラインBL45の概念設計について報告した。特に、多波長異常分散法による構造解析に特化したダイヤモンドモノクロメータを用いたトリクロメーターの概念設計とその動作方式を明らかにした。

Development of cryo-cooling system for cryogenic protein crystallography at the RIKEN beamline”

M. Nakasako, M. Yamamoto, T. Uruga, C. Toyoshima, T. Ueki and H. Iwasaki

SPring-8 Annual Report Vol. 1   301 1995

Research paper (scientific journal), Joint Work, Accepted

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SPring-8で実施されるＸ線結晶構造解析実験に不可欠な極低温Ｘ線回折実験手法について、その歴史的背景と高強度Ｘ線照射による蛋白質結晶の放射線損傷の実態について概説した。

低温下での蛋白質Ｘ線結晶構造解技術

中迫雅由

日本結晶学会誌 Vol. 37   266-270 1995

Single Work

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SPring-8で実施される蛋白質のＸ線結晶構造解析に不可欠な極低温Ｘ線回折実験手法の開発経過について報告を行った。ここでは、開発の経緯、極低温に向けた蛋白質結晶の前処理方法、極低温実験手順と幾つかの予備的実験によって得られた回折強度データの統計について詳細な報告を行い、放射線損傷対策としての極低温Ｘ線回折実験手法の有効性を明らかにした。

低温下での蛋白質Ｘ線結晶構造解析1

中迫雅由

The Journal of TARA Sakabe Project Vol. 1   98-102 1995

Single Work

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SPring-8で実施される蛋白質のＸ線結晶構造解析実験に不可欠な極低温Ｘ線回折実験手法の開発を行い、その実験手順、予備的実験によって得られた結果について詳細な報告を行った。

Crystal structure of the Fv fragment of an anti-dansyl antibody at 1.6 A resolution

M. Nakasako, S. Noguchi, Y. Satow, H. Takahashi, I. Shimada and Y. Arata

Acta Crystallographica Sect A Vol. 49   PS-03.03.07 1994.08

Research paper (scientific journal), Joint Work, Accepted

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抗ダンシル抗体ＦｖフラグメントのＸ線結晶構造解析を1.6オングストローム分解能で行い、抗原認識領域のＨ３ループ周辺の特徴的な立体構造を明らかにした。

Light-induced structural change of bacteriorhodopsin

F. Tokunaga, M. Kataoka, K. Mihara, M. Nakasako and Y. Amemiya

Photomedicine and Photobiology Vol. 14   83-88 1992

Research paper (scientific journal), Joint Work, Accepted

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アルギニン処理したバクテリオロドプシンの時間分割Ｘ線回折実験を光照射下で行い、同処理条件下での構造変化キネティクス解析の可能性を探った。

I型フィトクロム二量体４次構造モデルの提案

中迫雅由、和田正三

植物細胞工学 Vol. 3   106-109 1991.03

Research paper (scientific journal), Joint Work

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Ｘ線小角散乱実験と電子顕微鏡法によって得られた、高等植物における光形態形成反応の初発反応を担う光受容蛋白質フィトクロムの低分解能四次構造モデルの概要について報告した。