慶應義塾研究者情報データベース

経歴 【 表示 ／ 非表示 】

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• 1990年04月

  -

  1993年12月

  東京大学 薬学部 薬品物理分析研究室 助手

• 1994年01月

  -

  1997年05月

  理化学研究所　生物物理研究室 研究員

• 1996年04月

  -

  1997年03月

  東京大学　分子細胞生物学研究所　蛋白質解析分野　非常勤講師

• 1996年10月

  -

  1999年09月

  科学技術振興事業団さきがけ研究２１場と反応領域 兼務研究員

• 1997年06月

  -

  2001年03月

  理化学研究所　和光研究所　協力研究員

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学歴 【 表示 ／ 非表示 】

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• 1984年03月

  静岡大学, 理学部, 物理学科

  大学, 卒業

• 1987年03月

  東北大学, 理学研究科, 物理学第二専攻

  大学院, 修了, 修士

• 1990年03月

  東北大学, 理学研究科, 物理学第二専攻

  大学院, その他, 博士

学位 【 表示 ／ 非表示 】

学位 【 表示 ／ 非表示 】

• 理学, 東北大学, 1990年04月

職務上の実績に関する事項 【 表示 ／ 非表示 】

職務上の実績に関する事項 【 表示 ／ 非表示 】

• 2006年04月

  -

  継続中

  2006年度 理工学部RI取扱従事者教育訓練　講義資料

• 2010年04月

  2010年度 理工学部RI取扱従事者教育訓練　講義資料

研究分野 【 表示 ／ 非表示 】

研究分野 【 表示 ／ 非表示 】

• 自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 (Ｘ線ナノイメージング)

研究キーワード 【 表示 ／ 非表示 】

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• 蛋白質水和構造解析

• コヒーレントＸ線回折イメージング

• 低温蛋白質結晶学

• 非結晶粒子の構造解析

研究テーマ 【 表示 ／ 非表示 】

研究テーマ 【 表示 ／ 非表示 】

• 蛋白質の水和構造, 

  1995年

  -

  継続中

• X線自由電子レーザーのバイオサイエンス分野での利用技術開発, 

  2006年

  -

  継続中

• 放射光Ｘ線利用研究, 

  1985年

  -

  継続中

• 蛋白質の立体構造解析, 

  1991年

  -

  継続中

著書 【 表示 ／ 非表示 】

著書 【 表示 ／ 非表示 】

• Hydration Structures of Proteins -Atomic Details-

  Masayoshi Nakasako, Springer-Nature, 2021年10月,  ページ数： 309

  , 査読有り

• X-ray diffraction imaging of biological cells (Springer Ser. Optic. Sciences Vol.210)

  Nakasako Masayoshi, Springer Nature, 2018年05月

  担当範囲: all contents , 査読有り

• Coherent X-ray DIFFRACTION IMAGINg of Cyanidioschyzon merolae

  Sekiguchi Y., Kobayashi A., Takayama Y., Oide M., Fukuda A., Yamamoto T., Okajima K., Oroguchi T., Hirakawa T., Inui Y., Matsunaga S., Yamamoto M., Nakasako M., Cyanidioschyzon merolae: A New Model Eukaryote for Cell and Organelle Biology, 2018年03月

  　概要を見る

  Coherent X-ray diffraction imaging (CXDI) is a lensless imaging technique for visualizing the structures of noncrystalline particles at a resolution of several tens of nanometers. The targets are particles with dimensions in the sub-micrometer to micrometer range. We carried out CXDI experiments at 66 K to investigate the internal structures of a whole frozen-hydrated cell and a chloroplast of Cyanidioschyzon merolae and a cyanobacteria cell by using coherent X-ray light sources, such as synchrotron and X-ray free-electron laser facilities. Owing to the short wavelength of the X-rays used (0.225 nm), the absorption and multiple scattering of X-rays inside the specimens were negligible. Diffraction patterns from each specimen particle adsorbed onto a thin membrane were collected at resolutions better than 50 μm -1 in reciprocal space. Therefore, structures of specimen particles can be illustrated at a resolution higher than 200 nm in real space. The most probable electron density map was retrieved from each diffraction pattern. Theinternal structures of the specimens are described here, particularly the structural correlation of the chloroplast of C. merolae and the cyanobacteria cell. Based on the experimental results, we discuss the feasibility of CXDI in the structural analyses of biological cells and cellular organelles.

• 'Coherent X-ray diffraction imaging of Cyanidioschyzon merolae' in Cyanidioschyzon merolae: A New Model Eukaryote for Cell and Organelle Biology

  Yuki Sekiguchi, Amane Kobayashi, Yuki Takayama, Mao Oide, Asahi Fukuda, Takahiro Yamamoto, Koji Okajima, Tomotaka Oroguchi, Takeshi Hirakawa, Yayoi Inui, Sachihiro Matsunaga Masaki Yamamoto and Masayoshi Nakasako, Springer Nature, 2018年02月

  担当範囲: Chapter 10

• タンパク質結晶の最前線

  松岳大輔、中迫雅由, 2013年12月

  担当範囲: 221-229

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論文 【 表示 ／ 非表示 】

論文 【 表示 ／ 非表示 】

• Prediction of hydrophilic and hydrophobic hydration structure of protein by neural network optimized using experimental data

  Kochi Sato, Mao Oide, Masayoshi Nakasako

  Scientifc Reports | （Springer-Nature)  13   2183 (1-15) 2023年02月

  研究論文（学術雑誌）, 共著, 最終著者, 責任著者, 査読有り

  • Access to Document (DOI)

• クライオ電子顕微鏡マップを用いた 生体高分子動態の自由エネルギー地形解析

  大出真央、中迫雅由

  日本結晶学会誌 （日本結晶学会)  64 （ 4 ） 300 - 305 2022年12月

  研究論文（学術雑誌）, 共著, 最終著者, 査読有り

• SPring-8におけるコヒーレントX線回折イメージングの展開

  高山裕貴, 中迫雅由

  日本結晶学会誌 （日本結晶学会)   64 （ 1 ） 41 - 49 2022年03月

  研究論文（学術雑誌）, 最終著者, 責任著者, 査読有り

• Common architectures in cyanobacteria Prochlorococcus cells visualized by X-ray diffraction imaging using X-ray free electron laser

  Kobayashi A., Takayama Y., Hirakawa T., Okajima K., Oide M., Oroguchi T., Inui Y., Yamamoto M., Matsunaga S., Nakasako M.

  Scientific Reports （Scientific Reports)  in press （ 1 ） in press 2021年02月

  研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

  　概要を見る

  Visualization of intracellular structures and their spatial organization inside cells without any modification is essential to understand the mechanisms underlying the biological functions of cells. Here, we investigated the intracellular structure of cyanobacteria Prochlorococcus in the interphase by X-ray diffraction imaging using X-ray free-electron laser. A number of diffraction patterns from single cells smaller than 1 µm in size were collected with high signal-to-noise ratio with a resolution of up to 30 nm. From diffraction patterns, a set of electron density maps projected along the direction of the incident X-ray were retrieved with high reliability. The most characteristic structure found to be common among the cells was a C-shaped arrangement of 100-nm sized high-density spots, which surrounded a low-density area of 100 nm. Furthermore, a three-dimensional map reconstructed from the projection maps of individual cells was non-uniform, indicating the presence of common structures among cyanobacteria cells in the interphase. By referring to the fluorescent images for distributions of thylakoid membranes, nucleoids, and carboxysomes, we inferred and represented their spatial arrangements in the three-dimensional map. The arrangement allowed us to discuss the relevance of the intracellular organization to the biological functions of cyanobacteria.

  • Access to Document (DOI)

• Red light-induced structure changes in phytochrome A from Pisum sativum

  Oide M., Nakasako M.

  Scientific Reports （Scientific Reports)  11 （ 1 ） 2827(1) - 2827(11) 2021年02月

  研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

  　概要を見る

  Phytochrome A (phyA) is a photoreceptor protein of plants that regulates the red/far-red light photomorphogenic responses of plants essential for growth and development. PhyA, composed of approximately 1100 amino acid residues, folds into photosensory and output signaling modules. The photosensory module covalently binds phytochromobilin as a chromophore for photoreversible interconversion between inactive red light-absorbing (Pr) and active far-red light-absorbing (Pfr) forms to act as a light-driven phosphorylation enzyme. To understand the molecular mechanism in the initial process of photomorphogenic response, we studied the molecular structures of large phyA (LphyA) from Pisum sativum, which lacks the 52 residues in the N-terminal, by small-angle X-ray scattering combined with multivariate analyses applied to molecular models predicted from the scattering profiles. According to our analyses, Pr was in a dimer and had a four-leaf shape, and the subunit was approximated as a bent rod of 175 × 50 Å. The scattering profile of Pfr was calculated from that recorded for a mixture of Pr and Pfr under red-light irradiation by using their population determined from the absorption spectrum. The Pfr dimer exhibited a butterfly shape composed of subunits with a straight rod of 175 × 50 Å. The shape differences between Pr and Pfr indicated conformational changes in the Pr/Pfr interconversion which would be essential to the interaction with protein molecules involved in transcriptional control.

  • Access to Document (DOI)

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KOARA（リポジトリ）収録論文等 【 表示 ／ 非表示 】

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• 植物赤色光・近赤外光受容体蛋白質フィトクロムBのクライオ電子顕微鏡構造解析

  中迫, 雅由

  学事振興資金研究成果実績報告書 （慶應義塾大学)  2019年

• コヒーレントＸ線回折による酵母核内の核酸分布イメージング

  中迫, 雅由

  科学研究費補助金研究成果報告書 2018年

• X線自由電子レーザーを用いた非結晶サブミクロン粒子のナノメートル分解能構造解析

  中迫, 雅由

  科学研究費補助金研究成果報告書 2013年

• 時間分解蛍光測定によるタンパク質内部運動と協奏する水和構造変化の解析

  中迫, 雅由

  科学研究費補助金研究成果報告書 2013年

• 湿度制御X線回折実験による蛋白質内部運動と水和構造変化の相関に関する研究

  中迫, 雅由

  科学研究費補助金研究成果報告書 2008年

総説・解説等 【 表示 ／ 非表示 】

総説・解説等 【 表示 ／ 非表示 】

• KOTOBUKI-1 apparatus for cryogenic X-ray diffraction imaging

  M. Nakasako, M. Yamamoto

  SPring-8 Research Frontiers 2014    128-129 2015年08月

  速報，短報，研究ノート等（大学，研究機関紀要）, 共著

• Blue light-induced conformational chanes in Chlamydomonas phototropin

  K. Okajima M. Nakasako

  SPring-8 Research Frontiers 2014    32-33 2015年08月

  速報，短報，研究ノート等（大学，研究機関紀要）, 共著

• Crystal Structure of LOV1 Domains in Arabidopsis Phototropin 1 and 2

  M. Nakasako & S. Tokutomi

  SPring-8 Research Frontiers 2008    32-33 2009年07月

  速報，短報，研究ノート等（大学，研究機関紀要）, 共著

研究発表 【 表示 ／ 非表示 】

研究発表 【 表示 ／ 非表示 】

• 深層学習と経験分布の融合的手法による膜蛋白質の水和構造予測

  佐藤航地、大出真央、中迫雅由

  第12回日本生物物理学会関東支部会, 

  2023年03月

  , 

  口頭発表（一般）

• グルタミン酸脱水素酵素における補酵素結合過程のクライオ電子顕微鏡

  若林大貴、大出真央、加藤貴之、中迫雅由

  第12回日本生物物理学会関東支部会, 

  2023年03月

  , 

  口頭発表（一般）

• Ｘ線回折イメージング位相回復の正解度向上プロトコル

  吉田翔庸、上江洲奏、高山裕貴、中迫雅由

  第36回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム, 

  2023年01月

  , 

  ポスター発表

• Protocol for improving accuracy in phase-retrieval calculations in X-ray diffraction imaging

  Syouyou Yoshida, So Uezu, Yuki Takayama and Masayoshi Nakasako

  The Asia Oceania International Conference on Synchrotron Radiation Instruments 2022 (AO-SRI 2022). , 

  2022年11月

  , 

  ポスター発表

• グルタミン酸脱水素酵素における補酵素結合経路のクライオ電子顕微鏡観察

  Taiki Wakabayashi, Mao Oide, Takayuki Kato, Masayoshi Nakasako

  日本生物物理学会 第60回年会, 

  2022年09月

  , 

  ポスター発表

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競争的研究費の研究課題 【 表示 ／ 非表示 】

競争的研究費の研究課題 【 表示 ／ 非表示 】

• クライオ電顕画像から蛋白質の動的構造を描写するための新規計算科学手法の確立と応用

  2021年04月

  -

  2024年03月

  文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 中迫 雅由, 基盤研究(B), 補助金,  研究代表者

• 蛋白質機能を駆動する水和構造の時空間階層イメージング

  2017年04月

  -

  2019年03月

  文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 中迫　雅由, 新学術領域研究(研究領域提案型), 補助金,  研究代表者

• コヒーレントＸ線回折による酵母核内の核酸分布イメージング

  2016年04月

  -

  2017年03月

  科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会）, 補助金,  未設定

• 時間分解蛍光測定を軸とする蛋白質水和と機能発現の相関解析

  2016年04月

  -

  2017年03月

  科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会）, 補助金,  研究代表者

• SACLAにおける低温Ｘ線回折イメージング実験の展開と標準化

  2016年04月

  -

  2017年03月

  JSTキーテクノロジー, 受託研究,  研究代表者

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Works 【 表示 ／ 非表示 】

Works 【 表示 ／ 非表示 】

• シアノバクテリアの普遍的内部構造を可視化

  中迫雅由

  2021年04月

  , 

  その他, 共同

• 植物フィトクロムAの構造変化を可視化－植物光形態形成における分子機構の一端を解明－

  大出真央、中迫雅由

  2021年02月

  , 

  その他, 共同

• シアノバクテリアの普遍的内部構造を可視化 －X線自由電子レーザー・イメージングの新しい解析方法を開拓－

  中迫雅由

  2021年02月

  , 

  その他, 共同

• 低温X線回折イメージング・トモグラフィー技術の確立 －細胞丸ごと、内部構造を非侵襲的に可視化－（プレス・リリース）

  中迫雅由、大出真央、山本隆寛、岡島公司、苙口友隆、他

  2018年10月

  -

  継続中

  , 

  その他, 共同

• 科学の峰々　No.96 生命になぜ水が必要なのか？　生体タンパク質分子の構造解析で生命の根源活動に迫る（下）　中迫雅由　慶應義塾大学理工学部物理学科教授

  中迫雅由

  科学機器 No. 843 2018年9月号, 

  2018年10月

  -

  継続中

  , 

  その他, 単独

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知的財産権等 【 表示 ／ 非表示 】

知的財産権等 【 表示 ／ 非表示 】

• 冷却装置及びX線装置

  出願日： 特開2002-357381  2002年12月 

  公開日： 特開2002-357381  2002年12月 

  特許権, 共同

• 光代謝制御

  出願日： 特許第3491669号  2001年03月 

  発行日： 特許第3491669号  2004年11月

  特許権, 共同

• X線分析用試料マウント具

  出願日： 特許第3439571号   

  公開日： 特別公開№338818   

  発行日： 特許第3439571号  2003年06月

  特許権, 共同

担当授業科目 【 表示 ／ 非表示 】

担当授業科目 【 表示 ／ 非表示 】

• 卒業研究

  2023年度

• 生物物理学

  2023年度

• 物理学実験第２

  2023年度

• 物理学実験第１

  2023年度

• 論文講読発表

  2023年度

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担当経験のある授業科目 【 表示 ／ 非表示 】

担当経験のある授業科目 【 表示 ／ 非表示 】

• 自然科学実験

  理工学部

  2018年04月

  -

  2019年03月

• 物理学実験第一（ブラウン運動）

  理工学部

  2018年04月

  -

  2019年03月

• 生物物理学特論

  理工学研究科

  2018年04月

  -

  2019年03月

• 生物物理学

  理工学部

  2018年04月

  -

  2019年03月

• 電磁気学第二

  理工学部

  2018年04月

  -

  2019年03月

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社会活動 【 表示 ／ 非表示 】

社会活動 【 表示 ／ 非表示 】

• 理化学研究所　播磨研究所　放射光科学総合研究センター　研究グループ最終評価委員会

  2013年02月

  -

  2013年03月

• 理化学研究所　独立主幹最終評価委員会

  2013年02月

  -

  2013年03月

• 新学術領域研究専門委員会（3102_天然変性蛋白質）

  2011年12月

  -

  2012年03月

• 理化学研究所　独立主幹中間評価委員会

  2011年10月

  -

  2011年12月

• 特定放射光施設検討委員会

  2011年09月

  -

  継続中

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所属学協会 【 表示 ／ 非表示 】

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• 4-th Japan-France Joint Seminar, 

  2012年04月

  -

  2013年03月

• 放射光学サイエンス将来計画特別委員会, 

  2010年07月

  -

  2011年03月

• 日本生物物理学会, 

  2009年10月

  -

  2011年09月

• 財団法人　新世代研究所　水和ナノ構造研究会, 

  2009年04月

  -

  2012年03月

• 第4回日本放射光学会若手ワークショップ ―次世代放射光源を用いた生命科学未踏領域への挑戦―組織委員会, 

  2007年05月

  -

  2007年08月

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委員歴 【 表示 ／ 非表示 】

委員歴 【 表示 ／ 非表示 】

• 2013年02月

  -

  2013年03月

  委員, 理化学研究所　播磨研究所　放射光科学総合研究センター　研究グループ最終評価委員会

• 2013年02月

  -

  2013年03月

  委員, 理化学研究所　独立主幹最終評価委員会

• 2013年02月

  -

  2013年03月

  Committee Member, 理化学研究所　播磨研究所　放射光科学総合研究センター　研究グループ最終評価委員会

• 2013年02月

  -

  2013年03月

  Committee Member, 理化学研究所　独立主幹最終評価委員会

• 2012年04月

  -

  2013年03月

  organizer, 4-th Japan-France Joint Seminar

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