Presentations -

Relaxation Mode Analysis of a Biopolymer System by Molecular Dynamics

Toshiki Nagai, Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano

第47回日本生物物理学会年会 (徳島文理大学，徳島) , 

2009.10

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Poster presentation, 日本生物物理学会

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30nsの水中のヒトリゾチームの定温全原子分子動力学シミュレーションを行い、そのデータに対して主成分分析と緩和モード解析を行い、双方の解析結果を比較検討し、それぞれの方法の特徴を明らかにした。

ペプチドの主成分解析と緩和モード解析II

光武亜代理，高野宏

日本物理学会2009年秋季大会 (熊本大学，熊本) , 

2009.09

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Oral presentation (general), 日本物理学会

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5残基からなるペプチドであるエンケファリンの真空中のモンテカルロシミュレーションを行い、その結果に対して主成分分析と緩和モード解析を行った。いくつかの主成分、緩和モードの値に対して自由エネルギー曲面を計算し、最安定状態，準安定状態間の遷移について調べた。

分子動力学法を用いた生体高分子系の緩和モード解析

長井俊樹，光武亜代理，高野宏

日本物理学会2009年秋季大会 (熊本大学，熊本) , 

2009.09

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Oral presentation (general), 日本物理学会

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30nsの水中のヒトリゾチームの定温全原子分子動力学シミュレーションを行い、そのデータに対して主成分分析と緩和モード解析を行い、双方の解析結果を比較検討し、それぞれの方法の特徴を明らかにした。解析の際、主鎖の代表的なCα原子のみを用いることで構造の粗視化を行った。

固定された障害物中の1本の環状高分子のシミュレーション

萩田克美，高野宏

日本物理学会2009年秋季大会 (熊本大学，熊本) , 

2009.09

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Oral presentation (general), 日本物理学会

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環状高分子メルト中の1本の環状高分子の挙動を解明するために、固定された障害物中の1本の環状高分子のシミュレーションを行い、特徴的な振る舞いについての検討を行う。線状高分子鎖メルト中の1本の高分子鎖と固定された障害物中の1本の高分子鎖の対応関係を念頭に、環状高分子メルト中の１本の環状高分子と固定された障害物中の1本の環状高分子の対応関係を調べる。