日本語
KEIO UNIVERSITY 
Faculty of Science and Technology 
Department of Biosciences and Informatics 

顔写真 Professor 
SAKAKIBARA YASUBUMI 

 
http://www.dna.bio.keio.ac.jp/  

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Career
(株)富士通研究所情報社会科学研究所 ,研究員  1985/04-1996/03 
兼 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校 ,客員研究員  1992/06-1993/06 
東京電機大学理工学部情報科学科 ,助教授  1996/04-2001/09 
東京電機大学理工学部情報科学科 ,教授  2001/10-2002/03 
慶應義塾大学理工学部生命情報学科 ,助教授  2002/04-Present 
慶應義塾大学大学院理工学研究科基礎理工学専攻 ,助教授  2002/04-Present 
Professor, Department of Biosciences and Informatics, Keio University  2005/04-Present 

Academic Background
Tokyo Institute of Technology  Faculty of Science  情報科学科  1983/03/31  Graduated 
Tokyo Institute of Technology  Graduate School, Division of Science and Engineeri  情報科学専攻  Master's course  1985/03/31  Completed 

Academic Degrees
理学  Tokyo Institute of Technology  1991/10/31 

Research Areas
Bioinformatics 
Life / Health / Medical informatics 
System genome science 

Research Keywords
Bioinformatics 
cancer genome 

Research Themes
functional RNA sequence analysis  2002/04/01-Present 
Cancer genmome analysis  2010/04/01-Present 
Big daya analysis  2012/04/01-Present 

Funded Research Projects (Competitive Research Funds, etc.)
ビッグデータ駆動型創薬システム研究拠点  戦略的研究基盤形成支援事業  2014-2018 
発がんゲノムにおける非コードRNAの網羅的機能解析  Grant-in-Aid for Scientific Research  2011-2014 
ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援  Grant-in-Aid for Scientific Research  2010-2015 
タンパク質化合物相互作用の網羅的予測手法とデータベースの開発  (独)科学技術振興機構  バイオインフォマティクス推進事業  2006-2011 
機能性RNAの探索・解析のためのバイオインフォマティクス技術の開発  (社)バイオ産業情報化コンソーシアム  戦略的技術開発委託費  2005-2009 
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Research Achievements (Books)
情報数理シリーズ「計算論的学習」  榊原康文,小林聡,横森貴  培風館  2001/10  コンピュータに学習能力を持たせることを目的とする人工知能分野における機械学習の理論を解説する日本ではじめての教科書. 
DNAコンピューティング  Paun, Rozenberg, Salomaa 著,横森貴, 榊原康文, 小林聡 訳  シュプリンガー・フェアラーク東京  1999/12  DNAコンピュータに関するはじめての教科書.形式言語理論に基づいたDNAコンピュータの理論に関する研究を中心に書かれている. 
新版 情報処理ハンドブック  情報処理学会偏,13編6章の「学習」に関する節を分担執筆  オーム社  1995/11  情報処理に関するすべての分野をカバーするハンドブック. 
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Research Achievements (Original Articles and Commentaries)
Research paper (scholarly journal)  Joint  An algorithm for aligning and clustering read mapping profiles of deep sequencing in non-coding RNA processing  Tsuchiya, M., Amano, K., Abe, M., Seki, M., Hase, S., Sato, K., SAKAKIBARA YASUBUMI  Bioinformatics  in press  2016 
Research paper (scholarly journal)  Joint  Prediction of gene structures from RNA-seq data using dual decomposition  Inatsuki, T., Sato, K., SAKAKIBARA YASUBUMI  IPSJ Transactions on Bioinformatics  9, 1-6  2016 
Research paper (scholarly journal)  Joint  Resequencing of the common marmoset genome improves genome assemblies and gene-coding sequence analysis  SAKAKIBARA YASUBUMI  Scientific Reports  5, 16894  2015 
Research paper (scholarly journal)  Joint  Whole-genome sequencing and comparative genome analysis of Bacillus subtilis strains isolated from non-salted fermented soybean foods  Kamada, M., Hase, S., Fujii, K., Miyake, M., Sato, K., Kimura, K.,SAKAKIBARA YASUBUMI  PLOS ONE  10/ 10, e0141369  2015 
Joint  MetaVelvet-SL: An extension of the Velvet assembler to a de novo metagenomic assembler utilizing supervised learning  Afiahayati, Sato, K., and Sakakibara, Y.  DNA Research  22/ 1, 69-77  2015 
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Research Achievements (Oral/Poster Presentations)
Oral presentation(general)  MetaVelvet : An extension of Velvet assembler to de novo metagenome assembly from short sequence reads  ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine 2011  2011/08/02 
Oral presentation(general)  Comprehensive analysis of small non-coding RNAs in medaka transcriptome by deep RNA-seq approach  RNA 2011 Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society  2011/06/15 
Oral presentation(general)  Genome-wide detections of non-coding RNAs on Ciona intestinalis genome: from in silico search of snoRNA to full-length sequencing and expression analysis  5th International Tunicate Meeting  2009/06/22 
Oral presentation(general)  Discriminative Detection of Cis-acting Regulatory Variation from Location Data  The 4th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC2006), Taiwan  2006/02/14 
Other  RNA structural alignment with conditional random fields  the 4th European Conference on Computational Biology (ECCB 2005)  2005 
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Research Achievements (Intellectual Property Rights)
Patent  核酸分子を用いた新規な情報解析方法およびそれを用いた核酸の解析方法  特願2000-382449  2000/12 
Patent  Data Sorting,Data Sorting Tree Creating,Derivative  United State Patent,No.5787426  1998/07/28 
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Awards
東京電機大学研究振興会 教育奨励賞  「プログラム言語のマルチメディア教育」  1999 
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Courses in Charge of
Bioinformatics 
BioProgramming 1 
Post-genome science 
Bio-science exercise A 
Bio-science exercise B 
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Social Activities
第8回 新しい RNA/RNP を見つける会  2009/09/07-2009/09/08 
6th International Workshop on Algorithmic Learning  1995/10-Present 
2nd,3rd,4th,5th,6th International Colloquium on Gr  1994-2002 
5th,7th,8th,9th,11th International Workshop on Alg  1994-2000 
(財)新世代コンピュータ技術開発機構 蛋白質立体構造予測タスクグループ  1994/04-1995/03 
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Memberships in Academic Societies
16th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming  2010/07/14-2010/07/17 
20th International Conference on Genome Informatics(GIW2009)  2009/12/14-2009/12/16 
人工知能学会 人工知能基礎論研究会  1998/04-2002/03 
情報処理学会 論文誌編集委員会  1998/04-2002/03 
第44回情報処理学会全国大会 チュートリアルセッション 機械学習入門  1992-Present 
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Committee Experiences
16th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming  Program Committee Co-Chairman  2010/07/14-2010/07/17 
20th International Conference on Genome Informatics(GIW2009)  organizing chairman  2009/12/14-2009/12/16 
第8回 新しい RNA/RNP を見つける会  Committee Chair  2009/09/07-2009/09/08 
2nd,3rd,4th,5th,6th International Colloquium on Gr  Program Committee Member  1994-2002 
5th,7th,8th,9th,11th International Workshop on Alg  Program Committee Member  1994-2000 
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