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慶應義塾大学 
理工学部 
生命情報学科 

准教授 
舟橋 啓 
フナハシ アキラ 
FUNAHASHI Akira 

http://fun.bio.keio.ac.jp/  

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経歴
日本学術振興会特別研究員(DC1)  1997/04-2000/03 
三重大学工学部情報工学科助手  2000/05-2002/03 
科学技術振興機構ERATO-SORST北野共生システムプロジェクト 研究員  2002/04-2007/03 
早稲田大学大学院理工学研究科電気・情報生命専攻非常勤講師  2004/04-2005/03 
システムバイオロジー研究機構 研究員  2004/04-2007/03 
慶應義塾大学理工学部生命情報学科非常勤講師  2004/04-2007/03 
慶應義塾大学理工学部生命情報学科専任講師  2007/04-2009/03 
慶應義塾大学理工学部生命情報学科准教授  2009/04-現在 

学歴
慶應義塾大学  理工学研究科  計算機科学専攻  博士  2000/03/31  修了 
慶應義塾大学  理工学研究科  計算機科学専攻  修士  1997/03/31  修了 
慶應義塾大学  理工学部  電気工学科  1995/03/31  卒業 

学位
博士(工学)  慶應義塾大学  2000/03/31 

総合紹介
本研究室では生命現象に関する疑問から理論モデルを構築、シミュレーションによる予測、実験による定量的検証、というボトムアップアプローチで生命現象のシステムレベルでの理解を目指しています。また、シミュレーション、データ解析、理論構築に必要となる技術基盤の開発も行っています。 

研究分野
生体生命情報学 

研究キーワード
システム生物学 
計算生物学 
定量生物学 

研究業績(著書)
Modeling and Simulation Using CellDesigner  MATSUOKA Yukiko, FUNAHASHI Akira, GHOSH Samik, KITANO Hiroaki  121-145  Springer  2014/06  978-1-4939-0804-2  In silico modeling and simulation are effective means to understand how the regulatory systems function in life. In this chapter, we explain how to build a model and run the simulation using CellDesigner, adopting the standards such as SBML and SBGN. 
Introduction to Systems Biology  Shapiro, B., Finney, A., Hucka, M., Bornstein, B., Funahashi, A., Jouraku, A., Keating, S., Novere, N., Matthews, J., and Schilstra, M.  395-421  Humana Press  2007/07  1-58829-706-3  URL 
Introduction to Systems Biology  Hiroi, N. and Funahashi, A.  261-281  Humana Press  2007/07  1-58829-706-3  URL 
Introduction to Systems Biology  FUNAHASHI Akira  422-434  Humana Press  2007/07  1-58829-706-3  URL 
System Modeling in Cellular Biology: From Concepts to Nuts and Bolts  inney, A., Hucka, M., Bornstein, B., Keating, S., Shapiro, B., Matthews, J., Kovitz, B., Schilstra, M.,舟橋 啓, Doyle, J., 北野 宏明  MIT Press  2006/03  0-262-19548-8  URL 
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研究業績(原著論文・解説)
研究論文(学術雑誌)  共著  The systems biology graphical notation.  舟橋 啓  Nature Biotechnology  27/ 8, 735-741  2009/08 
研究論文(学術雑誌)  共著  Using process diagrams for the graphical representation of biological networks.  Kitano, H., Funahashi, A., Matsuoka, Y., and Oda, K.  Nature Biotechnology  23/ 8, 961-966  2005/08 
研究論文(学術雑誌)  共著  A comprehensive pathway map of epidermal growth factor receptor signaling.  Oda, K., Matsuoka, Y., Funahashi, A., and Kitano, H.  Nature Molecular Systems Biology  1/ 1, 1-17  2005/05 
研究論文(学術雑誌)  共著  Acceleration of discrete stochastic biochemical simulation using GPGPU  Sumiyoshi, Kei, Hirata, Kazuki, Hiroi, Noriko, Funahashi, Akira  FRONTIERS IN PHYSIOLOGY  6, 155-169  2015/02  1664-042X  10.3389/fphys.2015.00042 
研究論文(学術雑誌)  A proteomic study of mitotic phase-specific interactors of EB1 reveals a role for SXIP-mediated protein interactions in anaphase onset  Tamura, Naoka, Simon, Judith E., Nayak, Arnab, Shenoy, Rajesh, Hiroi, Noriko, Boilot, Viviane, Funahashi, Akira, Draviam, Viji M.  BIOLOGY OPEN  4/ 2, 155-169  2015/02  2046-6390  10.1242/bio.201410413 
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研究業績(口頭・ポスター発表)
口頭発表(招待・特別)  CellDesigner plugin  Winter School on Computational Modeling in Biology  2010/02 
口頭発表(招待・特別)  CellDesigner  Winter School on Computational Modeling in Biology  2010/02 
口頭発表(招待・特別)  生化学ネットワーク解析環境CellDesignerの設計と実装  第24回生体・生理工学シンポジウム  2009/09 
口頭発表(招待・特別)  Integration of CellDesigner and SABIO-RK  SABIO-RK User Meeting  2009/06 
口頭発表(招待・特別)  CellDesigner 4.0beta  Super-hackathon: Standards and Ontologies for Systems Biology  2008/01 
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担当授業科目
生命現象の分子科学 
情報の基礎 
生命情報総合演習第1 
生命システム情報特別講義A 
現代生物学概論 
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